Přesně tohle se mi stávalo taky. Dokonce i při resize okna. Stačilo v ~.pekwm/config nastavit OpaqueMove a OpaqueResize na "false" a problémy přestaly.

Sice autoproperties moc nepouzivam, ale jak jsem tak shlednul tvoje pravidla, koukam ze nepouzivas regular expressions (viz manual). To je podle myho nazoru ten problem. Takze v pripade opery misto

Property = "opera" # tohle by slo jen po okne explicitne s nazvem opera

pouzit

Property = ".*,^opera" #tohle znamena kterykoliv okno s cimkoliv pred slovem opera

Schvalne jsem to otestoval na xtermu a v xtermu otviranejch aplikacich (mutt, irssi....) funkci autogrouping na urcitej plose a fachalo to Jen to chce spravne identifikovat client window (da se pouzit xprop WM_CLASS) a pohrat si s regular expressions. Je to pekne popsany v dokumentaci.

Jak tak koukam, asi si zacnu s autoproperties hrat

Property = "^urxvt,^URxvt" {
bla bla bla 
}