Mne sa to tiež stáva, že conky aj ked má nastavenú priehladnosť tak priehladné nie je a okná sa podsúvajú pod conky, občas pomôže keď dám reload window manager, ale inokedy len reboot. Ten konfigurák s počasím sem vložím samozrejme, len musíž zmeniť lokalitu a heslo, ktoré ti vygenerovalo na weather.com a zaslalené do mailu.