Dotaz: Pomalé rm (ext4, qnap)

[xvasek]

Ahoj lidi,

to jsem z toho mýdlo s jelenem. Mám qnap NAS (TS-110, což je celkem entry level plečka, ale je "jen" na zálohy), na něj se odlévají velké soubory záloh vmware přes NFS - to v zásadě funguje.

Problém který řeším už docela dlouho, je rychlost mazání těchto záloh. Jsou to v podsatě pár (desítek) GB velké děravé soubory, které se před vytvořením nové zálohy vždy mažou. Smazání ale trvá hrozně dlouho, jeden takový soubor se maže i cca 10 minut. Původně jsem si myslel, že je problém v NFS, ale pak jsem se zkusil přihlásit přes ssh na ten NAS - běží tam taková trochu zvláštní distribuce linuxu s busyboxem - a smazat to pomocí rm. I to samotné rm na jeden takový velký soubor trvá stejně dlouho - klidně 10 minut. V "top" se mi vypisuje, že rm běží na procesoru (proč? más pustit unlink() a čekat) a co mi přijde nejzajímavější, tak volné místo (df -h) přibývá "postupně", rychlostí cca 100MB/s, což mi přijde cca jako rychlost toho disku. Jako by si to místo musel uvolnit přepsáním celého toho souboru. Přitom tam žádnou takovou featuru nemám, není to šifrované, security jsem prolezl a nikde není nic takového zapnutého - jakože wipe souborů nebo tak něco... rm samotné je link na busybox, což je správně. FS je ext4.

Nemáte někdo nějaký tip?

---

---

Odpovědi

[pavels]

co zkusit strace -p <pid> a zjistit, co vlastne dela?

[luv]

jojo, z popisu to vypada na nejakou zvlastni implementaci rm

[trubicoid]

vlastni rm? co rika which rm? mas normalni /bin/rm?

pripadne zkus udelat link rm na /bin/busybox, ten by se mel chovat normalne, asi

trebas ln -s /bin/busybox /usr/local/bin/rm

/usr/local/bin/rm ...

[trubicoid]

ajo, rikas ze rm je link na busybox, tak nic

[trubicoid]

a proc ta zaloha je derava? je skutecne sparse? jak presne to delas? cp --sparse=always ?

jinak mi napada, ze se dlouho maze kvuli tomu, ze je sparse a tim padem fragmentovana, co e4defrag?

[xvasek]

Děravá je, protože ji tak vmware vytvoří, protože thin provisioning. Ony mají sice tak 60 - 200GB, ale na disku bývá reálně jenom cca polovina, podle obsazení disku ve VM. Jinak já tu zálohu nekopíruju, vmware ji tam rovnou vytvoří, technicky vzato je to plný snapshot, který si "odplivne" server (a zapomene na něj). Že je děravý mi nevadí, to je naopak plus, navíc podle mého chápání děravosti by to při mazání mělo spíš pomoct, než brzdit, protože je potřeba odalokovat jenom polovinu místa. e4defrag vidím poprvé, zkusím, mohlo by to být ono, taky jsem nad fragmentací přemýšlel. Druhou možnost vidím pak ve znovuvytvoření FS, ale moc se mi do toho nechce, protože jsou tam i jiná data a nemám je kam dát.

[luv]

nedivil bych se kdyby "ta trochu zvlastni distribuce" mela v sobe upraveny busybox

[nobody]

pokud se to chova stejne i vzdalene pres nfs, kdy maze rm z coreutils, tak asi nebude problem s rm v busyboxu na serveru ;)

[luv]

Pravda. Takze upraveny busybox a nfs server na tom NASu? ;)

S jakyma optionama je ten filesystem primountovany?

[R]

Alebo upraveny kernel.

[luv]

A na to bychom prisli pokud bychom videli vystup z strace, po kterem se pavel ptal v prvni odpovedi.

[xvasek]

Strace tam není, ani v balíku, musel bych ho nějak zkompilovat. Zkusím.

[xvasek]

S jakyma optionama je ten filesystem primountovany?

Implicitně takto:

/dev/sda3 on /share/HDA_DATA type ext4 (rw,usrjquota=aquota.user,jqfmt=vfsv0,user_xattr,data=ordered,nodelalloc,noacl)

Zkoušel jsem to remountnout s delalloc, ale žádný rozdíl. Zajímavé je, že pár GB velké soubory (typu například .mkv ) to smaže v řádu maximálně jednotek sekund, ale mazání tady těch vmware záloh je pomalé, i když jsou relativně stejně velké (+- 4GB).

Začínám podezírat ext4 vs děravost souborů.

[xvasek]

Ha, začínám hledat nějaký "secure delete" atribut, jenž sice nemá být implementován (a prý nejde přenášet přes NFS), ale čert ví. Jenom tam na to nejsou příkazy.

[xvasek]

Tak zpátky na stromy, atribut "safe delete" nastaven není.

[pavels]

tak co vypsal ten strace?

[Michal Kubeček]

Bylo by celkem překvapivé, kdyby při mazání jednoho souboru ukázal něco jiného než volání unlink() nebo unlinkat().

[xvasek]

Napřed takový ten bordel jako obvykle a nakonec:

lstat64("stodulkovi.cz-flat.vmdk", {st_mode=S_IFREG|0600, st_size=64424509440, ...}) = 0
access("stodulkovi.cz-flat.vmdk", W_OK) = 0
unlink("stodulkovi.cz-flat.vmdk"

...a v tom unlinku visí ten dlouhý čas. Pak to uklidí a končí. Takže nic zvláštního.

[mimi.vx]

pokud tam mas 'find' tak to zkus smazat s nim find co --delete

[pave.]

Nebylo by rychlejsi "echo > filename; rm filename" ?

[xvasek]

Díky za pokus, ale echo > filename běží taky věčnost. :-/

[lertimir]

Jak je firmware aktuální. V bugfixes z lo%nského roku (prosinec, září) mají i takového hlášky

- The NAS will reboot automatically after large files (larger than 850G) are removed in File Station.
- It takes a very long time to move a large number of folders and files to another shared folder on the same NAS via File Station. 
- The Turbo NAS will occasionally reboot when transmitting large files via CIFS/SMB.
- The Turbo NAS will occasionally reboot when you backup files to an external hard drive.

Takže mě jejich implementace připadá dost děravá. A zkusil bych jejich forum.

[xvasek]

Firmware mám aktuální. Nicméně tady ty bugy se týkají vesměs jejich utilit, se kterýma já nepracuju. A reboot mi nenastává, takže problém bude asi někde jinde.

[luv]

V "top" se mi vypisuje, že rm běží na procesoru (proč? más pustit unlink() a čekat)

To, že běží syscall v jádře, se pořád prezentuje jako stav "R", teprve pokud by spal, bude to buď "S" (interruptible) nebo "D" (uninterruptible). Nanejvýš hrozí, že zakročí soft lockup detector, pokud by v tom jádře běžel beze spánku moc dlouho.

Jinak mazání dlouhých souborů je na ext2/3/4 opravdu pomalé, což je dáno implementací pomocí indirect, double indirect a triple indirect bloků. Ale 10 minut na desítky GB je opravdu hodně, leda snad při kombinaci pomalého procesoru, pomalého disku a málo paměti.

[xvasek]

[...] leda snad při kombinaci pomalého procesoru, pomalého disku a málo paměti.

To tam všechno je: Marvel ARM 800MHz (jednojádro tuším), 256MB RAM a disk je taky jakýsi "green". Nicméně pořád nemám uspokojivou odpověď, proč je takový rozdíl mazat zálohu malého image z vmware o velikosti 4GB (trvá cca 40s, tzn. oněch ~100MB/s) a podobně velký jiný soubor např. Rebelka.mkv (smaže za méně než 1s). Jediný rozdíl mezi těmi soubory je v tom, že vmware vznikl přes NFS a je děravý.

[Michal Kubeček]

Tím "děravý" myslíte sparse file nebo to, že je fragmentovaný? Rozdíl může být třeba v tom, že na ext4 je možné využít extents, čímž by odpadl problém s procházením stromové struktury indirect bloků. Ten propastný rozdíl pak může být způsoben tím, že počet "ušpiněných" bloků u jednoho souboru nevynutí okamžitý flush, zatímco u druhého ano. Ve výsledku tak poměr počtu bloků, které je potřeba zapsat, nemusí být tak výrazný, ale poměr časů "než rm skončí" ano.

[xvasek]

Ano, myslím sparse. Co je "extents" netuším, ale je to tam zapnuté a aktivní dle lsattr. Dále tomu vysvětlení moc nerozumím (resp. nechápu, proč by to mělo být jiné - podle mého je mazat sparse file ve všech směrech jednodušší), ale zvažuju přeformátování na ext3, mám nějakou šanci, že to pomůže?

[Michal Kubeček]

Těžko - extents můžou pomoci, pokud se při alokaci místa pro soubor použijí. Takže přechodem na ext3, který je neumí, sice možná docílíte toho, že čas potřebný ke smazání obou suborů bude podobný, ale tím opačným způsobem, než byste chtěl.

[xvasek]

Hm, díky. Už to chápu, ale časem tomu dám asi šanci. Pořád mi totiž připadá, že tam probíhá něco jako safe erase (nějakou chybou?), které ext3 vůbec neumí, takže bych měl aspoň jistotu, že neprobíhá.

Ale stejně je mi divné, že tento problém jsem nikde na netu popsaný nenašel, přestože na qnap zálohuje přes ghettoVCB z vmware kde kdo a já nemám nikde v tom setupu nic nestandardního - ani na vmware, ani na qnapu. Nebo na ty zálohy použiju RPI s raspbianem - tam je aspoň standardní systém.

[ET]

co smart? obcas disky "drhnou", kdyz je jim spatne

[xvasek]

Smart condition je "Good", to už jsem se díval, než jsem vůbec začal psát ten dotaz.

[ET]

mno, jeste bych (pro jistotu) mrknul na dmesg

[xvasek]

To tam psalo nějaké chyby ohledně ext4, ale update firmware (resp. spíš software) to opravil. Pak jsem to samozřejmě fsckoval.

[xvasek]

Jinak mazání dlouhých souborů je na ext2/3/4 opravdu pomalé, což je dáno implementací pomocí indirect, double indirect a triple indirect bloků. Ale 10 minut na desítky GB je opravdu hodně, leda snad při kombinaci pomalého procesoru, pomalého disku a málo paměti.

Nakonec beru toto vysvětlení jako řešení, v zásadě je to opravdu plečka - ARMv5/800MHz. Pro řešení svého problému jsem přidal do crontabu na tom NASu řádek, který dělá "echo > soubor" do těch image, které jsou starší, než 6 dnů, což bude trvat asi hodinu denně, ale pak to zálohovací script z vmware při rotaci záloh bez problému během pikosekundy smaže (přes NFS) a netimeoutuje - to byl původní problém. Aspoň se ten NAS nebude furt flákat.