abclinuxu.cz AbcLinuxu.cz itbiz.cz ITBiz.cz HDmag.cz HDmag.cz abcprace.cz AbcPráce.cz
AbcLinuxu hledá autory!
Inzerujte na AbcPráce.cz od 950 Kč
Rozšířené hledání
×
    včera 18:44 | Komunita

    Od soboty do úterý probíhá v Hamburku konference 39C3 (Chaos Communication Congress) věnovaná také počítačové bezpečnosti nebo hardwaru. Program (jiná verze) slibuje řadu zajímavých přednášek. Streamy a záznamy budou k dispozici na media.ccc.de.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 0
    včera 13:22 | Zajímavý software

    Byl představen nový Xserver Phoenix, kompletně od nuly vyvíjený v programovacím jazyce Zig. Projekt Phoenix si klade za cíl být moderní alternativou k X.Org serveru.

    🇨🇽 | Komentářů: 1
    včera 13:11 | Nová verze

    XLibre Xserver byl 21. prosince vydán ve verzi 25.1.0, 'winter solstice release'. Od založení tohoto forku X.Org serveru se jedná o vůbec první novou minor verzi (inkrementovalo se to druhé číslo v číselném kódu verze).

    🇨🇽 | Komentářů: 0
    včera 03:33 | Nová verze

    Wayback byl vydán ve verzi 0.3. Wayback je "tak akorát Waylandu, aby fungoval Xwayland". Jedná se o kompatibilní vrstvu umožňující běh plnohodnotných X11 desktopových prostředí s využitím komponent z Waylandu. Cílem je nakonec nahradit klasický server X.Org, a tím snížit zátěž údržby aplikací X11.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 0
    25.12. 14:44 | Nová verze

    Byla vydána verze 4.0.0 programovacího jazyka Ruby (Wikipedie). S Ruby Box a ZJIT. Ruby lze vyzkoušet na webové stránce TryRuby. U příležitosti 30. narozenin, první veřejná verze Ruby 0.95 byla oznámena 21. prosince 1995, proběhl redesign webových stránek.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 0
    24.12. 02:11 | Komunita

    Všem čtenářkám a čtenářům AbcLinuxu krásné Vánoce.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 27
    24.12. 02:00 | Nová verze

    Byla vydána nová verze 7.0 linuxové distribuce Parrot OS (Wikipedie). S kódovým názvem Echo. Jedná se o linuxovou distribuci založenou na Debianu a zaměřenou na penetrační testování, digitální forenzní analýzu, reverzní inženýrství, hacking, anonymitu nebo kryptografii. Přehled novinek v příspěvku na blogu.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 0
    23.12. 18:33 | Nová verze

    Vývojáři postmarketOS vydali verzi 25.12 tohoto před osmi lety představeného operačního systému pro chytré telefony vycházejícího z optimalizovaného a nakonfigurovaného Alpine Linuxu s vlastními balíčky. Přehled novinek v příspěvku na blogu. Na výběr jsou 4 uživatelská rozhraní: GNOME Shell on Mobile, KDE Plasma Mobile, Phosh a Sxmo.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 0
    23.12. 13:55 | Nová verze

    Byla vydána nová verze 0.41.0 multimediálního přehrávače mpv (Wikipedie) vycházejícího z přehrávačů MPlayer a mplayer2. Přehled novinek, změn a oprav na GitHubu. Požadován je FFmpeg 6.1 nebo novější a také libplacebo 6.338.2 nebo novější.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 0
    23.12. 12:44 | Nová verze

    Byla vydána nová verze 5.5 (novinky) skriptovacího jazyka Lua (Wikipedie). Po pěti a půl letech od vydání verze 5.4.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 0
    Kdo vám letos nadělí dárek?
     (34%)
     (2%)
     (14%)
     (2%)
     (2%)
     (2%)
     (16%)
     (17%)
     (11%)
    Celkem 106 hlasů
     Komentářů: 18, poslední 24.12. 15:29
    Rozcestník

    Administrace komentářů

    Jste na stránce určené pro řešení chyb a problémů týkajících se diskusí a komentářů. Můžete zde našim administrátorům reportovat špatně zařazenou či duplicitní diskusi, vulgární či osočující příspěvek a podobně. Děkujeme vám za vaši pomoc, více očí více vidí, společně můžeme udržet vysokou kvalitu AbcLinuxu.cz.

    Příspěvek
    15.7.2019 11:33 Honza
    Rozbalit Rozbalit vše výběr řádků textu
    Potřeboval bych pomoct se zpravováním textových souborů. Mám dva textové soubory, kdy v jednom (CP002667.1.txt) je seznam kontigů (kusů DNA), které patří konkrétnímu bakteriálnímu druhu. Čísla kontigů jsou oddělena řádky.

    Ve druhém souboru (G7_ml200contigs.fa) jsou vlastní kontigy, které ovšem patří více bakteriálním druhům. Potřebuji z něho tedy vyextrahovat jen některé kontigy, jejichž seznam je v prvním souboru.

    Struktura souboru s kontigy, tedy kusy DNA patřící různým druhům je následující: první řádek je popis s číslem kontigu, následuje RÚZNÝ počet řádků s vlastní sekvencí DNA:

    >contig00001 lenght=194432

    ATTTAATGCCTCCACCACTAACGTTGAATCGTGCTGTTTCTGCAATCGCCAACCAACCAC TTGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA

    .

    .

    .

    >contig00002 lenght=187674

    TGTTCGTTATTACAATGAGGAAAGAATACAATTAAAATTAAATGGACTGAGCCCTGTTCA ATACAGAATTCAGTCCTTAAAATAACAGTCTAACTTTTCGGGGTCAGATCACAGTAATAG

    .

    .

    .

    Kdyby byl počet řádků sekvence DNA stejný, šlo by to grepem (tady dostanu první řádky sekvence):

    grep -F -f CP002667.1.txt -A 2 G7_ml200contigs.fa > CP002667.1first2seqlines.txt

    Jak mám ale dostat celou sekvenci kontigu, když má proměnlivý počet řádků (i několik tisíc)? Potřeboval bych nějak říct grepu, aby pokračoval s výběrem řádků za vyhledaným patternem (-A) až do dalšího hlavičkového řádku uvozeného >contig0000X.

    Díky, Honza

    V tomto formuláři můžete formulovat svou stížnost ohledně příspěvku. Nejprve vyberte typ akce, kterou navrhujete provést s diskusí či příspěvkem. Potom do textového pole napište důvody, proč by měli admini provést vaši žádost, problém nemusí být patrný na první pohled. Odkaz na příspěvek bude přidán automaticky.

    Vaše jméno
    Váš email
    Typ požadavku
    Slovní popis
    ISSN 1214-1267   www.czech-server.cz
    © 1999-2015 Nitemedia s. r. o. Všechna práva vyhrazena.