abclinuxu.cz AbcLinuxu.cz itbiz.cz ITBiz.cz HDmag.cz HDmag.cz abcprace.cz AbcPráce.cz
AbcLinuxu hledá autory!
Inzerujte na AbcPráce.cz od 950 Kč
Rozšířené hledání
×
    dnes 00:55 | Upozornění

    GitHub změnil výchozí kompresi u automaticky generovaných .tar.gz archivů a tím změnil jejich hashe. I když GitHub u těchto automaticky generovaných archivů negarantuje stejné hashe, celá řada projektů s tím počítá a proto nastaly problémy. GitHub se dočasně vrátil k původní kompresi.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 1
    včera 18:44 | Nová verze

    Byla vydána nová verze 0.54 open source počítačové hry Unvanquished (Wikipedie), forku počítačové hry Tremulous. Z novinek vývojáři zdůrazňují podporu procesorů ARM na Linuxu. Unvanquished lze instalovat také z Flathubu.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 0
    včera 09:00 | Nová verze

    Byla vydána nová verze 4.19 svobodné náhrady proprietárních BIOSů a UEFI coreboot (Wikipedie). Na seznamu podporovaných desek přibylo 16 desek. Odstraněno bylo 30 desek.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 3
    29.1. 23:00 | Komunita

    Do 23. ledna bylo možné připomínkovat Akt o kybernetické odolnosti – nová pravidla kybernetické bezpečnosti pro digitální produkty a podpůrné služby, novou iniciativu Evropské komise. Na možná nebezpečí pro open source upozornila Open Source Initiative nebo Eclipse Foundation.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 5
    29.1. 20:00 | Nová verze

    Vyšla nová verze 10.7 desktopového prostředí Budgie. Zatím stále vychází z GNOME, ale nově používá např. vlastní backend nabídky a spouštěče aplikací. Vůbec přepracovaná nabídka také nyní podporuje přepínání hybridních GPU nebo možnost nastavení osobní uživatelské nabídky,…

    Fluttershy, yay! | Komentářů: 7
    27.1. 13:11 | Bezpečnostní upozornění

    Závažná zranitelnost ohrožuje více než 100 modelů tiskáren Lexmark (pdf). Společnost Lexmark vydala bezpečnostní záplatu firmwaru. Opravovaná zranitelnost může vést ke vzdálenému spuštění libovolného kódu (CVSSv3 9.0).

    Ladislav Hagara | Komentářů: 16
    27.1. 08:00 | Nová verze

    Byla vydána nová major verze 2.0.0 toolkitu SQLAlchemy (Wikipedie) přinášejícího do programovacího jazyka Python podporu SQL (Structured Query Language) a ORM (Object–relational mapping). Detaily v přehledu novinek a v průvodci migrací.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 0
    27.1. 00:11 | Nová verze

    Byla vydána verze 1.67.0 programovacího jazyka Rust (Wikipedie). Podrobnosti v poznámkách k vydání. Vyzkoušet Rust lze například na stránce Rust by Example.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 0
    26.1. 20:11 | Nová verze

    Byla vydána nová verze 23.1 open source firewallové a routovací platformy OPNsense (Wikipedie). Jedná se o fork pfSense od této verze postavený na FreeBSD místo HardenedBSD. Kódový název OPNsense 23.1 je Quintessential Quail. Přehled novinek v příspěvku na blogu.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 0
    26.1. 13:22 | IT novinky

    Sdružení CZ.NIC, správce české národní domény, zveřejnilo Domain Report 2022, ve kterém upozorňuje na zajímavá data spojená s doménou .CZ. Na konci roku 2022 bylo evidováno celkem 1 463 116 domén. Průměrně bylo měsíčně zaregistrováno 17 193 domén, přičemž nejvíce registrací proběhlo v listopadu (23 581) a nejméně pak v červenci (13 199). Na rozdíl od předchozích let byl poprvé v historii zaznamenán propad v počtu domén zabezpečených

    … více »
    Ladislav Hagara | Komentářů: 6
    Výdaje na elektřinu mi meziročně
     (70%)
     (19%)
     (8%)
     (1%)
     (2%)
    Celkem 396 hlasů
     Komentářů: 5, poslední 18.1. 12:48
    Rozcestník


    Dotaz: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky

    6.12.2022 15:06 PetebLazar | skóre: 31 | blog: l_eonardovo_odhodlani
    Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Přečteno: 743×
    Můžete někdo doporučit textový editor (čistě pro ASCII) zvládající dlouhé řádky?

    Občas jsou soubory s genetickými informacemi nezalámány (na typickych 80zn/radek) a běžné editory nejsou z několika miliónů znaků na řádce moc nadšeny.

    Dekuji.

    Odpovědi

    6.12.2022 15:10 PetebLazar | skóre: 31 | blog: l_eonardovo_odhodlani
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Prosim o prehozeni do Linuxove poradny, prekoukl jsem se.
    6.12.2022 17:23 jejda | skóre: 21 | blog: jejda
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Jak dlouhý řádek si tak představuješ? Teď jsem zkusil geany a ješte při délce deset miliónů znaků na řádek se to jakžtakž hýbe. padesát miliónů znaků v řádku už to načítá dvacet sekund, ale tu už bych řekl že bude na vině spíš velikost souboru. sed by mohl zvládat delší řádky. U nějakého extrémně dlouhého řádku je nouzová možnost do toho souboru ty newlines nasekat programem fold a po editaci je zas vymazat třeba sedem nebo tr.
    6.12.2022 20:44 PetebLazar | skóre: 31 | blog: l_eonardovo_odhodlani
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Jde o genomy bakterií takže se to pohybuje mezi 1,5 až 6 miliony bází DNA (vyjádřených znaky A,C,G,T).

    Zkusím to geany, díky za tip.
    6.12.2022 18:09 X
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Naco to vlastne potrebujes v GUI? Nechces t osnad editovat ze ne?
    6.12.2022 20:50 PetebLazar | skóre: 31 | blog: l_eonardovo_odhodlani
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Editovat ne, jen přečíst. ;-)

    Ne, jde o to, že občas je třeba vyhledat/vyříznout přibližnou část (okolí) sekvence pro mapping readů sekvenace. Při zalámání genomu do řádků je problém s triviálním vyhledáváním zalomených řetězců.
    6.12.2022 22:01 jejda | skóre: 21 | blog: jejda
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Na toto by měl stačit grep. Například hledám v souboru string ABCD a zároveň chcu vidět ještě pět znaků před stringem a pět po něm. Něco takového:
    grep -o .....ABCD..... soubor.txt
    Asi by to šlo napsat líp, ale v regexech docela tápu.
    6.12.2022 22:38 jejda | skóre: 21 | blog: jejda
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    grep -oP .{5}ABCD.{5}
    toto funguje taky a je to takové elegantnější jak ďoubat řadu teček.
    6.12.2022 23:21 PetebLazar | skóre: 31 | blog: l_eonardovo_odhodlani
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Jde o to, ze napriklad hledate vyskyt sekvence dlouhe 120 znaku, ktera bude v beznem .fasta souboru obsažena ve dvou 80-ti znakových řádcích.
    7.12.2022 00:40 jejda | skóre: 21 | blog: jejda
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Jakože ta hledaná sekvence je přes víc řádků? no tak bych ty newlines prostě smazal:
    s=ABCD; tr -d '[[:cntrl:]]' < soubor.txt | grep -Eo .{5}$s.{5}
    Ale možná jenom nechápu zadání. Taky se mi moc nezdá, naco tam musí být ty znaky před a po sekvenci. Trochu pochybuju že toto nějaký gui editor vůbec umí.
    Jendа avatar 7.12.2022 08:46 Jendа | skóre: 78 | blog: Jenda | JO70FB
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Taky se mi moc nezdá, naco tam musí být ty znaky před a po sekvenci.
    Asi ho zajímá kontext, ale to ten grep přesně vypíše, případně si na to může napsat vlastní jednoduchý skript třeba v Pythonu.

    Spíš mě překvapuje, že se hledá přesná shoda, čekal bych, že to bude fuzzy.
    7.12.2022 09:16 PetebLazar | skóre: 31 | blog: l_eonardovo_odhodlani
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Ty genomy, které jsou svou povahou konzervativní mohou vykázat exaktní shodnost i na úsecích stovek tisíc bází.

    Pokud se patern vyhledává v samotných readech (dílčí data genomu získaná sekvenací) pak případná jejich individuální odlišnost proti paternu pouze omezí počet dohledaných sekvencí. To zajišťuje tzv. krytí (coverage) jež je vyjádřeno celkovým počtem získaných bází genomu sekvenací děleno předpokládaná délka genomu. Pro přesné metody sekvenace stačí hloubka v desítkách, u méně přesných metod to musí být ještě násobně více. Samozřejmě to vše za předpokladu cca rovnoměrného pokrytí.
    Josef Kufner avatar 6.12.2022 22:51 Josef Kufner | skóre: 70
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Poslouží v podstatě jakýkoliv hexaeditor. Třeba KHexEdit. Hex část zobrazení vypneš a budeš spokojený.
    Hello world ! Segmentation fault (core dumped)
    7.12.2022 18:06 Cronin
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Hodne by pomohlo, keby ste sem dali napr. 10 riadkov ako príklad takého súboru a náhodne vybrali sekvenciu z niektorého z tých 10 riadkov, ktorá sa má akože nájsť, aj s prípadným kontextom.
    7.12.2022 22:55 PetebLazar | skóre: 31 | blog: l_eonardovo_odhodlani
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    To bylo pouze pro ilustraci, nikoli zadani. Vyhledavat paterny pres vice radku lze napriklad pomoci nastroje pcregrep.
    user@debian11:~# cat test.txt
    000000000000000000000000000
    AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
    BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
    CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
    DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
    EEEEEEEEEEEEEEEEEEEE
    FFFFFFFFFFFFFFFFFFF
    
    user@debian11:~#  pcregrep -M 'AAA(\n|.)*CCC' test.txt
    AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
    BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
    CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
    8.12.2022 16:42 Cronin
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Ale požiadavka na prehľadávanie cez viac riadkov vznikla iba z toho, že niektoré editory dlhé riadky zalámu, čomu sa opytujúci sa snaží predísť v prvom rade, a to výberom vhodného editora. Ničmenej, každý editor s aspoň trochou sebaúcty má zalamovanie riadkov nejako konfigurovateľné, takže tu vlastne problém nie je.

    Problémom môže byť, ako praktické je v editore pracovať so súborom, kde je REáLNA dĺžka riadku a REáLNY počet riadkov. Preto som sa zaujímal o príklad REáLNEHO súboru.
    9.12.2022 08:11 PetebLazar | skóre: 31 | blog: l_eonardovo_odhodlani
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Jde o soubory typu FASTA kde jednotlivé sekvence jsou vzdy oznaceny samostatným radkem ve tvaru >oznaceni_sekvence a na dalsim radku(radcich) pak nasleduje vlastni sekvence například tvořená znaky ACGT. Z některých nástrojů je výstupem sekvence v jediném řádku.
    12.12.2022 20:32 Cronin
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Skúsme na to ísť od lesa: ktoré editory ste už vyskúšali a prečo Vám nevyhovovali?

    Založit nové vláknoNahoru

    Tiskni Sdílej: Linkuj Jaggni to Vybrali.sme.sk Google Del.icio.us Facebook

    ISSN 1214-1267   www.czech-server.cz
    © 1999-2015 Nitemedia s. r. o. Všechna práva vyhrazena.