abclinuxu.cz AbcLinuxu.cz itbiz.cz ITBiz.cz HDmag.cz HDmag.cz abcprace.cz AbcPráce.cz
AbcLinuxu hledá autory!
Inzerujte na AbcPráce.cz od 950 Kč
Rozšířené hledání
×
    dnes 13:33 | Bezpečnostní upozornění

    Více než 600 aplikací postavených na PHP frameworku Laravel je zranitelných vůči vzdálenému spuštění libovolného kódu. Útočníci mohou zneužít veřejně uniklé konfigurační klíče APP_KEY (např. z GitHubu). Z více než 260 000 APP_KEY získaných z GitHubu bylo ověřeno, že přes 600 aplikací je zranitelných. Zhruba 63 % úniků pochází z .env souborů, které často obsahují i další citlivé údaje (např. přístupové údaje k databázím nebo cloudovým službám).

    Ladislav Hagara | Komentářů: 2
    dnes 00:11 | Nová verze

    Open source modální textový editor Helix, inspirovaný editory Vim, Neovim či Kakoune, byl vydán ve verzi 25.07. Přehled novinek se záznamy terminálových sezení v asciinema v oznámení na webu. Detailně v CHANGELOGu na GitHubu.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 0
    včera 20:44 | IT novinky

    Americký výrobce čipů Nvidia získal od vlády prezidenta Donalda Trumpa souhlas s prodejem svých pokročilých počítačových čipů používaných k vývoji umělé inteligence (AI) H20 do Číny. Prodej těchto čipů speciálně upravených pro čínský trh by tak mohl být brzy obnoven, uvedla firma na svém blogu. Americká vláda zakázala prodej v dubnu, v době eskalace obchodního sporu mezi oběma zeměmi. Tehdy to zdůvodnila obavami, že by čipy mohla využívat čínská armáda.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 9
    včera 17:22 | Nová verze

    3D software Blender byl vydán ve verzi 4.5 s prodlouženou podporou. Podrobnosti v poznámkách k vydání. Videopředstavení na YouTube.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 0
    14.7. 22:22 | Komunita

    Open source webový aplikační framework Django slaví 20. narozeniny.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 0
    14.7. 16:11 | Komunita

    V Brestu dnes začala konference vývojářů a uživatelů linuxové distribuce Debian DebConf25. Na programu je řada zajímavých přednášek. Sledovat je lze online.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 0
    14.7. 11:33 | IT novinky

    Před 30 lety, tj. 14. července 1995, se začala používat přípona .mp3 pro soubory s hudbou komprimovanou pomocí MPEG-2 Audio Layer 3.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 28
    14.7. 10:55 | IT novinky

    Výroba 8bitových domácích počítačů Commodore 64 byla ukončena v dubnu 1994. Po více než 30 letech byl představen nový oficiální Commodore 64 Ultimate (YouTube). S deskou postavenou na FPGA. Ve 3 edicích v ceně od 299 dolarů a plánovaným dodáním v říjnu a listopadu letošního roku.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 23
    13.7. 17:55 | Zajímavý projekt

    Společnost Hugging Face ve spolupráci se společností Pollen Robotics představila open source robota Reachy Mini (YouTube). Předobjednat lze lite verzi za 299 dolarů a wireless verzi s Raspberry Pi 5 za 449 dolarů.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 17
    11.7. 16:44 | Komunita

    Dnes v 17:30 bude oficiálně vydána open source počítačová hra DOGWALK vytvořena v 3D softwaru Blender a herním enginu Godot. Release party proběhne na YouTube od 17:00.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 3
    Jaký je váš oblíbený skriptovací jazyk?
     (59%)
     (26%)
     (7%)
     (3%)
     (1%)
     (1%)
     (4%)
    Celkem 399 hlasů
     Komentářů: 16, poslední 8.6. 21:05
    Rozcestník

    Dotaz: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky

    6.12.2022 15:06 PetebLazar | skóre: 34 | blog: l_eonardovo_odhodlani
    Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Přečteno: 775×
    Můžete někdo doporučit textový editor (čistě pro ASCII) zvládající dlouhé řádky?

    Občas jsou soubory s genetickými informacemi nezalámány (na typickych 80zn/radek) a běžné editory nejsou z několika miliónů znaků na řádce moc nadšeny.

    Dekuji.

    Odpovědi

    6.12.2022 15:10 PetebLazar | skóre: 34 | blog: l_eonardovo_odhodlani
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Prosim o prehozeni do Linuxove poradny, prekoukl jsem se.
    6.12.2022 17:23 jejda | skóre: 25 | blog: jejda
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Jak dlouhý řádek si tak představuješ? Teď jsem zkusil geany a ješte při délce deset miliónů znaků na řádek se to jakžtakž hýbe. padesát miliónů znaků v řádku už to načítá dvacet sekund, ale tu už bych řekl že bude na vině spíš velikost souboru. sed by mohl zvládat delší řádky. U nějakého extrémně dlouhého řádku je nouzová možnost do toho souboru ty newlines nasekat programem fold a po editaci je zas vymazat třeba sedem nebo tr.
    6.12.2022 20:44 PetebLazar | skóre: 34 | blog: l_eonardovo_odhodlani
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Jde o genomy bakterií takže se to pohybuje mezi 1,5 až 6 miliony bází DNA (vyjádřených znaky A,C,G,T).

    Zkusím to geany, díky za tip.
    6.12.2022 18:09 X
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Naco to vlastne potrebujes v GUI? Nechces t osnad editovat ze ne?
    6.12.2022 20:50 PetebLazar | skóre: 34 | blog: l_eonardovo_odhodlani
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Editovat ne, jen přečíst. ;-)

    Ne, jde o to, že občas je třeba vyhledat/vyříznout přibližnou část (okolí) sekvence pro mapping readů sekvenace. Při zalámání genomu do řádků je problém s triviálním vyhledáváním zalomených řetězců.
    6.12.2022 22:01 jejda | skóre: 25 | blog: jejda
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Na toto by měl stačit grep. Například hledám v souboru string ABCD a zároveň chcu vidět ještě pět znaků před stringem a pět po něm. Něco takového:
    grep -o .....ABCD..... soubor.txt
    Asi by to šlo napsat líp, ale v regexech docela tápu.
    6.12.2022 22:38 jejda | skóre: 25 | blog: jejda
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    grep -oP .{5}ABCD.{5}
    toto funguje taky a je to takové elegantnější jak ďoubat řadu teček.
    6.12.2022 23:21 PetebLazar | skóre: 34 | blog: l_eonardovo_odhodlani
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Jde o to, ze napriklad hledate vyskyt sekvence dlouhe 120 znaku, ktera bude v beznem .fasta souboru obsažena ve dvou 80-ti znakových řádcích.
    7.12.2022 00:40 jejda | skóre: 25 | blog: jejda
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Jakože ta hledaná sekvence je přes víc řádků? no tak bych ty newlines prostě smazal:
    s=ABCD; tr -d '[[:cntrl:]]' < soubor.txt | grep -Eo .{5}$s.{5}
    Ale možná jenom nechápu zadání. Taky se mi moc nezdá, naco tam musí být ty znaky před a po sekvenci. Trochu pochybuju že toto nějaký gui editor vůbec umí.
    Jendа avatar 7.12.2022 08:46 Jendа | skóre: 78 | blog: Jenda | JO70FB
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Taky se mi moc nezdá, naco tam musí být ty znaky před a po sekvenci.
    Asi ho zajímá kontext, ale to ten grep přesně vypíše, případně si na to může napsat vlastní jednoduchý skript třeba v Pythonu.

    Spíš mě překvapuje, že se hledá přesná shoda, čekal bych, že to bude fuzzy.
    7.12.2022 09:16 PetebLazar | skóre: 34 | blog: l_eonardovo_odhodlani
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Ty genomy, které jsou svou povahou konzervativní mohou vykázat exaktní shodnost i na úsecích stovek tisíc bází.

    Pokud se patern vyhledává v samotných readech (dílčí data genomu získaná sekvenací) pak případná jejich individuální odlišnost proti paternu pouze omezí počet dohledaných sekvencí. To zajišťuje tzv. krytí (coverage) jež je vyjádřeno celkovým počtem získaných bází genomu sekvenací děleno předpokládaná délka genomu. Pro přesné metody sekvenace stačí hloubka v desítkách, u méně přesných metod to musí být ještě násobně více. Samozřejmě to vše za předpokladu cca rovnoměrného pokrytí.
    Josef Kufner avatar 6.12.2022 22:51 Josef Kufner | skóre: 70
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Poslouží v podstatě jakýkoliv hexaeditor. Třeba KHexEdit. Hex část zobrazení vypneš a budeš spokojený.
    Hello world ! Segmentation fault (core dumped)
    7.12.2022 18:06 Cronin
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Hodne by pomohlo, keby ste sem dali napr. 10 riadkov ako príklad takého súboru a náhodne vybrali sekvenciu z niektorého z tých 10 riadkov, ktorá sa má akože nájsť, aj s prípadným kontextom.
    7.12.2022 22:55 PetebLazar | skóre: 34 | blog: l_eonardovo_odhodlani
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    To bylo pouze pro ilustraci, nikoli zadani. Vyhledavat paterny pres vice radku lze napriklad pomoci nastroje pcregrep.
    user@debian11:~# cat test.txt
    000000000000000000000000000
    AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
    BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
    CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
    DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
    EEEEEEEEEEEEEEEEEEEE
    FFFFFFFFFFFFFFFFFFF
    
    user@debian11:~#  pcregrep -M 'AAA(\n|.)*CCC' test.txt
    AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
    BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
    CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
    8.12.2022 16:42 Cronin
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Ale požiadavka na prehľadávanie cez viac riadkov vznikla iba z toho, že niektoré editory dlhé riadky zalámu, čomu sa opytujúci sa snaží predísť v prvom rade, a to výberom vhodného editora. Ničmenej, každý editor s aspoň trochou sebaúcty má zalamovanie riadkov nejako konfigurovateľné, takže tu vlastne problém nie je.

    Problémom môže byť, ako praktické je v editore pracovať so súborom, kde je REáLNA dĺžka riadku a REáLNY počet riadkov. Preto som sa zaujímal o príklad REáLNEHO súboru.
    9.12.2022 08:11 PetebLazar | skóre: 34 | blog: l_eonardovo_odhodlani
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Jde o soubory typu FASTA kde jednotlivé sekvence jsou vzdy oznaceny samostatným radkem ve tvaru >oznaceni_sekvence a na dalsim radku(radcich) pak nasleduje vlastni sekvence například tvořená znaky ACGT. Z některých nástrojů je výstupem sekvence v jediném řádku.
    12.12.2022 20:32 Cronin
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Skúsme na to ísť od lesa: ktoré editory ste už vyskúšali a prečo Vám nevyhovovali?

    Založit nové vláknoNahoru

    Tiskni Sdílej: Linkuj Jaggni to Vybrali.sme.sk Google Del.icio.us Facebook

    ISSN 1214-1267   www.czech-server.cz
    © 1999-2015 Nitemedia s. r. o. Všechna práva vyhrazena.