abclinuxu.cz AbcLinuxu.cz itbiz.cz ITBiz.cz HDmag.cz HDmag.cz abcprace.cz AbcPráce.cz
AbcLinuxu hledá autory!
Inzerujte na AbcPráce.cz od 950 Kč
Rozšířené hledání
×
    dnes 21:33 | Nová verze

    Byla vydána verze 3.0 (Mastodon) nástroje pro záznam a sdílení terminálových sezení asciinema (GitHub). S novou verzí formátu záznamu asciicast v3, podporou live streamingu a především kompletním přepisem z Pythonu do Rustu.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 0
    dnes 21:00 | Komunita

    Canonical oznámil, že bude podporovat a distribuovat toolkit NVIDIA CUDA (Wikipedie) v Ubuntu.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 0
    dnes 20:44 | IT novinky

    Tržní hodnota americké společnosti Alphabet, která je majitelem internetového vyhledávače Google, dnes poprvé překonala hranici tří bilionů dolarů (62,1 bilionu Kč). Alphabet se připojil k malé skupině společností, které tuto hranici pokořily. Jsou mezi nimi zatím americké firmy Nvidia, Microsoft a Apple.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 0
    dnes 20:33 | IT novinky

    Spojené státy a Čína dosáhly dohody ohledně pokračování populární čínské platformy pro sdílení krátkých videí TikTok v USA. V příspěvku na síti Truth Social to dnes naznačil americký prezident Donald Trump. Dosažení rámcové dohody o TikToku vzápětí oznámil americký ministr financí Scott Bessent, který v Madridu jedná s čínskými představiteli o vzájemných obchodních vztazích mezi USA a Čínou. Bessentova slova později potvrdila také čínská strana.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 0
    dnes 16:55 | Komunita

    MKVToolNix, tj. sada nástrojů pro práci s formátem (medialnym kontajnerom) Matroska, byl vydán ve verzi 95.0. Podpora přehrávání formátu Matroska míří do Firefoxu [Bug 1422891, Technický popis]. Přehrávání lze již testovat ve Firefoxu Nightly.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 0
    13.9. 17:33 | Pozvánky

    Spolek OpenAlt zve příznivce otevřených řešení a přístupu na 211. sraz, který proběhne v pátek 19. září od 18:00 ve Studentském klubu U Kachničky na Fakultě informačních technologií Vysokého učení technického na adrese Božetěchova 2/1. Na srazu proběhne přednáška Jiřího Eischmanna o nové verzi prostředí GNOME 49. Nemáte-li možnost se zúčastnit osobně, přednáškový blok bude opět streamován živě na server VHSky.cz a následně i zpřístupněn záznam.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 0
    13.9. 01:33 | IT novinky

    Microsoft se vyhnul pokutě od Evropské komise za zneužívání svého dominantního postavení na trhu v souvislosti s aplikací Teams. S komisí se dohodl na závazcích, které slíbil splnit. Unijní exekutivě se nelíbilo, že firma svazuje svůj nástroj pro chatování a videohovory Teams se sadou kancelářských programů Office. Microsoft nyní slíbil jasné oddělení aplikace od kancelářských nástrojů, jako jsou Word, Excel a Outlook. Na Microsoft si

    … více »
    Ladislav Hagara | Komentářů: 10
    12.9. 14:00 | Nová verze

    Samba (Wikipedie), svobodná implementace SMB a Active Directory, byla vydána ve verzi 4.23.0. Počínaje verzí Samba 4.23 jsou unixová rozšíření SMB3 ve výchozím nastavení povolena. Přidána byla podpora SMB3 přes QUIC. Nová utilita smb_prometheus_endpoint exportuje metriky ve formátu Prometheus.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 0
    12.9. 12:00 | Zajímavý článek

    Správcovský tým repozitáře F-Droid pro Android sdílí doporučení, jak řešit žádosti o odstranění nelegálního obsahu. Základem je mít nastavené formální procesy, vyhrazenou e-mailovou adresu a být transparentní. Zdůrazňují také důležitost volby jurisdikce (F-Droid je v Nizozemsku).

    |🇵🇸 | Komentářů: 20
    12.9. 05:33 | Bezpečnostní upozornění

    Byly publikovány informace o další zranitelnosti v procesorech. Nejnovější zranitelnost byla pojmenována VMScape (CVE-2025-40300, GitHub) a v upstream Linuxech je již opravena. Jedná se o variantu Spectre. KVM host může číst data z uživatelského prostoru hypervizoru, např. QEMU.

    Ladislav Hagara | Komentářů: 0
    Pro otevření více webových stránek ve webovém prohlížečí používám
     (81%)
     (7%)
     (3%)
     (3%)
     (4%)
     (2%)
    Celkem 181 hlasů
     Komentářů: 12, poslední 10.9. 13:00
    Rozcestník

    Dotaz: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky

    6.12.2022 15:06 PetebLazar | skóre: 35 | blog: l_eonardovo_odhodlani
    Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Přečteno: 778×
    Můžete někdo doporučit textový editor (čistě pro ASCII) zvládající dlouhé řádky?

    Občas jsou soubory s genetickými informacemi nezalámány (na typickych 80zn/radek) a běžné editory nejsou z několika miliónů znaků na řádce moc nadšeny.

    Dekuji.

    Odpovědi

    6.12.2022 15:10 PetebLazar | skóre: 35 | blog: l_eonardovo_odhodlani
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Prosim o prehozeni do Linuxove poradny, prekoukl jsem se.
    6.12.2022 17:23 jejda | skóre: 26 | blog: jejda
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Jak dlouhý řádek si tak představuješ? Teď jsem zkusil geany a ješte při délce deset miliónů znaků na řádek se to jakžtakž hýbe. padesát miliónů znaků v řádku už to načítá dvacet sekund, ale tu už bych řekl že bude na vině spíš velikost souboru. sed by mohl zvládat delší řádky. U nějakého extrémně dlouhého řádku je nouzová možnost do toho souboru ty newlines nasekat programem fold a po editaci je zas vymazat třeba sedem nebo tr.
    6.12.2022 20:44 PetebLazar | skóre: 35 | blog: l_eonardovo_odhodlani
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Jde o genomy bakterií takže se to pohybuje mezi 1,5 až 6 miliony bází DNA (vyjádřených znaky A,C,G,T).

    Zkusím to geany, díky za tip.
    6.12.2022 18:09 X
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Naco to vlastne potrebujes v GUI? Nechces t osnad editovat ze ne?
    6.12.2022 20:50 PetebLazar | skóre: 35 | blog: l_eonardovo_odhodlani
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Editovat ne, jen přečíst. ;-)

    Ne, jde o to, že občas je třeba vyhledat/vyříznout přibližnou část (okolí) sekvence pro mapping readů sekvenace. Při zalámání genomu do řádků je problém s triviálním vyhledáváním zalomených řetězců.
    6.12.2022 22:01 jejda | skóre: 26 | blog: jejda
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Na toto by měl stačit grep. Například hledám v souboru string ABCD a zároveň chcu vidět ještě pět znaků před stringem a pět po něm. Něco takového:
    grep -o .....ABCD..... soubor.txt
    Asi by to šlo napsat líp, ale v regexech docela tápu.
    6.12.2022 22:38 jejda | skóre: 26 | blog: jejda
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    grep -oP .{5}ABCD.{5}
    toto funguje taky a je to takové elegantnější jak ďoubat řadu teček.
    6.12.2022 23:21 PetebLazar | skóre: 35 | blog: l_eonardovo_odhodlani
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Jde o to, ze napriklad hledate vyskyt sekvence dlouhe 120 znaku, ktera bude v beznem .fasta souboru obsažena ve dvou 80-ti znakových řádcích.
    7.12.2022 00:40 jejda | skóre: 26 | blog: jejda
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Jakože ta hledaná sekvence je přes víc řádků? no tak bych ty newlines prostě smazal:
    s=ABCD; tr -d '[[:cntrl:]]' < soubor.txt | grep -Eo .{5}$s.{5}
    Ale možná jenom nechápu zadání. Taky se mi moc nezdá, naco tam musí být ty znaky před a po sekvenci. Trochu pochybuju že toto nějaký gui editor vůbec umí.
    Jendа avatar 7.12.2022 08:46 Jendа | skóre: 78 | blog: Jenda | JO70FB
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Taky se mi moc nezdá, naco tam musí být ty znaky před a po sekvenci.
    Asi ho zajímá kontext, ale to ten grep přesně vypíše, případně si na to může napsat vlastní jednoduchý skript třeba v Pythonu.

    Spíš mě překvapuje, že se hledá přesná shoda, čekal bych, že to bude fuzzy.
    7.12.2022 09:16 PetebLazar | skóre: 35 | blog: l_eonardovo_odhodlani
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Ty genomy, které jsou svou povahou konzervativní mohou vykázat exaktní shodnost i na úsecích stovek tisíc bází.

    Pokud se patern vyhledává v samotných readech (dílčí data genomu získaná sekvenací) pak případná jejich individuální odlišnost proti paternu pouze omezí počet dohledaných sekvencí. To zajišťuje tzv. krytí (coverage) jež je vyjádřeno celkovým počtem získaných bází genomu sekvenací děleno předpokládaná délka genomu. Pro přesné metody sekvenace stačí hloubka v desítkách, u méně přesných metod to musí být ještě násobně více. Samozřejmě to vše za předpokladu cca rovnoměrného pokrytí.
    Josef Kufner avatar 6.12.2022 22:51 Josef Kufner | skóre: 70
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Poslouží v podstatě jakýkoliv hexaeditor. Třeba KHexEdit. Hex část zobrazení vypneš a budeš spokojený.
    Hello world ! Segmentation fault (core dumped)
    7.12.2022 18:06 Cronin
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Hodne by pomohlo, keby ste sem dali napr. 10 riadkov ako príklad takého súboru a náhodne vybrali sekvenciu z niektorého z tých 10 riadkov, ktorá sa má akože nájsť, aj s prípadným kontextom.
    7.12.2022 22:55 PetebLazar | skóre: 35 | blog: l_eonardovo_odhodlani
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    To bylo pouze pro ilustraci, nikoli zadani. Vyhledavat paterny pres vice radku lze napriklad pomoci nastroje pcregrep.
    user@debian11:~# cat test.txt
    000000000000000000000000000
    AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
    BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
    CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
    DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDD
    EEEEEEEEEEEEEEEEEEEE
    FFFFFFFFFFFFFFFFFFF
    
    user@debian11:~#  pcregrep -M 'AAA(\n|.)*CCC' test.txt
    AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
    BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
    CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
    8.12.2022 16:42 Cronin
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Ale požiadavka na prehľadávanie cez viac riadkov vznikla iba z toho, že niektoré editory dlhé riadky zalámu, čomu sa opytujúci sa snaží predísť v prvom rade, a to výberom vhodného editora. Ničmenej, každý editor s aspoň trochou sebaúcty má zalamovanie riadkov nejako konfigurovateľné, takže tu vlastne problém nie je.

    Problémom môže byť, ako praktické je v editore pracovať so súborom, kde je REáLNA dĺžka riadku a REáLNY počet riadkov. Preto som sa zaujímal o príklad REáLNEHO súboru.
    9.12.2022 08:11 PetebLazar | skóre: 35 | blog: l_eonardovo_odhodlani
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Jde o soubory typu FASTA kde jednotlivé sekvence jsou vzdy oznaceny samostatným radkem ve tvaru >oznaceni_sekvence a na dalsim radku(radcich) pak nasleduje vlastni sekvence například tvořená znaky ACGT. Z některých nástrojů je výstupem sekvence v jediném řádku.
    12.12.2022 20:32 Cronin
    Rozbalit Rozbalit vše Re: Doporuceni textoveho editoru (GUI) pro Linux zvladajiciho dlouhe radky
    Skúsme na to ísť od lesa: ktoré editory ste už vyskúšali a prečo Vám nevyhovovali?

    Založit nové vláknoNahoru

    Tiskni Sdílej: Linkuj Jaggni to Vybrali.sme.sk Google Del.icio.us Facebook

    ISSN 1214-1267   www.czech-server.cz
    © 1999-2015 Nitemedia s. r. o. Všechna práva vyhrazena.