Na dnešní akci Made by Google 2025 (YouTube) byly představeny telefony Pixel 10 s novým čipem Google Tensor G5 a novými AI funkcemi, hodinky Pixel Watch 4 a sluchátka Pixel Buds 2a.
The Document Foundation oznámila vydání nové major verze 25.8 svobodného kancelářského balíku LibreOffice. Podrobný přehled nových vlastností i s náhledy v poznámkách k vydání (cs) a také na Youtube a PeerTube.
Zeek (Wikipedie), původně Bro, byl vydán v nové major verzi 8.0.0. Jedná se o open source platformu pro analýzu síťového provozu. Vyzkoušet lze online.
Byl vydán Mozilla Firefox 142.0. Přehled novinek v poznámkách k vydání a poznámkách k vydání pro vývojáře. Řešeny jsou rovněž bezpečnostní chyby. Nový Firefox 142 je již k dispozici také na Flathubu a Snapcraftu.
Python Developers Survey 2024, výsledky průzkumu mezi vývojáři v Pythonu organizovaném Python Software Foundation ve spolupráci se společností JetBrains v říjnu a listopadu loňského roku. Zúčastnilo se 30 tisíc vývojářů z 200 zemí. Linux používá 59 % z nich.
Farid Abdelnour se v příspěvku na blogu rozepsal o novinkám v nejnovější verzi 25.08.0 editoru videa Kdenlive (Wikipedie). Ke stažení také na Flathubu.
Byla vydána nová verze 2.51.0 distribuovaného systému správy verzí Git. Přispělo 91 vývojářů, z toho 21 nových. Přehled novinek v příspěvku na blogu GitHubu a v poznámkách k vydání.
Po roce bylo vydáno nové číslo magazínu Phrack: Phrack 72.
OpenSSL Corporation zve na den otevřených dveří ve středu 20. srpna v Brně a konferenci OpenSSL od 7. do 9. října v Praze.
>contig00001 lenght=194432 ATTTAATGCCTCCACCACTAACGTTGAATCGTGCTGTTTCTGCAATCGCCAACCAACCAc BBGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA CTGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA DTGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA >contig00002 lenght=187674 ETGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA FTGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA GGTTCGTTATTACAATGAGGAAAGAATACAATTAAAATTAAATGGACTGAGCCCTGTTCB >contig00003 lenght=187674 HTGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA IGTTCGTTATTACAATGAGGAAAGAATACAATTAAAATTAAATGGACTGAGCCCTGTTCBRegexp:
sed -n -e '0,/>contig00002/d;/>contig00003/q;p' foo.txtVystup:
ETGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA FTGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA GGTTCGTTATTACAATGAGGAAAGAATACAATTAAAATTAAATGGACTGAGCCCTGTTCB
Doporučuji vybodnout se na sed a použít awk.
Šel bych na to tak, že bych napsal awk skript:
AbcLinuxu.cz
ITBiz.cz
HDmag.cz
AbcPráce.cz
15.7.2019 13:46
contig.awk:
#!/usr/bin/awk -f
BEGIN { output = 0
while (getline key < key_file) ++keys[key] }
$0 in keys { print $0; output = 1; next }
/^>contig/ { output = 0; next }
output { print $0 }
Skript by měl být spustitelný:
chmod +x contig.awk
Skript bere soubor se seznamem hlaviček jako argument (proměnnou) key_file, zatímco velký soubor, ze kterého má vyfiltrovat sekvence, bere jako standardní vstup a píše pak na standardní výstup.
Když budu mít následující dva soubory, …
contigs.txt:
>contig00001 len=194432 ATTTAATGCCTCCACCACTAACGTTGAATCGTGCTGTTTCTGCAATCGCCAACCAACCAC TTGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA >contig00002 len=187674 TGTTCGTTATTACAATGAGGAAAGAATACAATTAAAATTAAATGGACTGAGCCCTGTTCA ATACAGAATTCAGTCCTTAAAATAACAGTCTAACTTTTCGGGGTCAGATCACAGTAATAG >contig00003 len=113760 AATTATTTAATTTGCCATGTTTCTTTATTTCTGCACTTTGGCAAAATGGGCAGTTTTTTA TTCATATTTCAAAAAGAGGGCTTAAAGCCTTGTACTATAAGGCTTTAAGCCACTTTTTAG
keys.txt:
>contig00001 len=194432 >contig00003 len=113760
…spustím to celé takto:
./contig.awk -v key_file=keys.txt < contigs.txt
To^^^ mi vypíše (celé) dvě sekvence z contigs.txt podle klíčů v keys.txt, včetně těch klíčů a bez ohledu na délku sekvencí. Pokud jsem zadání správně pochopil, tohle by mělo být ono.
Samozřejmě by sis to musel trochu upravit v případě, že formát souborů umožňuje prázdné řádky a/nebo komentáře.
Tiskni
Sdílej:
