Přemýšlíte, jak začít prázdniny? Už v úterý 1. července se bude konat Virtuální Bastlírna, tedy online setkání bastlířů, techniků, vědců i akademiků, kde se ve volné diskuzi probírají novinky ze světa techniky, ale i jiných zajímavých témat.
Za poslední měsíc jsme byli svědky plamenů několika raket. Zatímco malá raketa od Hondy se úspěšně vznesla a opět přistála, raketa od SpaceX se rozhodla letět všemi směry najednou. Díkybohu méně … více »Linus Torvalds zmínil, že souborový systém Bcachefs zřejmě odstraní z mainline Linuxu v začleňovacím okně pro vydání 6.17. Kent Overstreet mu totiž posílá kód s novou funkcionalitou i pro začlenění do kandidátů na vydání, kdy očekává pouze opravy chyb. Ken Overstreet byl již dříve z vývoje vyloučen kvůli konfliktní komunikaci.
Ministerstvo průmyslu a obchodu propaguje Microsoft. Ten ve spolupráci s Ministerstvem průmyslu a obchodu spouští AI National Skilling Plan v ČR. "Iniciativa Microsoftu přináší konkrétní a praktickou podporu právě tam, kde ji nejvíc potřebujeme – do škol, firem i veřejné správy.", říká ministr průmyslu a obchodu Lukáš Vlček.
Jste český ISP? Vyplněním krátkého dotazníku můžete pomoci nasměrovat vývoj nové generace routerů Turris Omnia [𝕏].
Celkové tržby společnosti Canonical za rok 2024 byly 292 milionů dolarů (pdf). Za rok 2023 to bylo 251 milionů dolarů.
Byla vydána verze 1.88.0 programovacího jazyka Rust (Wikipedie). Podrobnosti v poznámkách k vydání. Vyzkoušet Rust lze například na stránce Rust by Example.
Distribuce Tails specializující se ochranu online soukromí uživatele byla vydána ve verzi 6.17. Mimo jiné aktualizuje Tor Browser (14.5.4) a opravuje několik chyb.
Ubuntu nově pro testování nových verzí vydává měsíční snapshoty. Dnes vyšel 2. snapshot Ubuntu 25.10 (Questing Quokka).
Město Lyon posiluje svou digitální suverenitu a postupně nahrazuje software od společnosti Microsoft bezplatnými alternativami, zejména OnlyOffice pro kancelářské aplikace a Linux a PostgreSQL pro systémy a databáze.
Evropská občanská iniciativa Stop Destroying Videogames se snaží o to, aby vydavatelé, kteří spotřebitelům v Evropské unii prodávají videohry nebo na ně udělují licence, měli povinnost tyto hry ponechat ve funkčním (hratelném) stavu i po ukončení podpory ze své strany. Podpořit podpisem tuto iniciativu můžete v Systému pro online sběr podpisů.
>contig00001 lenght=194432 ATTTAATGCCTCCACCACTAACGTTGAATCGTGCTGTTTCTGCAATCGCCAACCAACCAc BBGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA CTGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA DTGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA >contig00002 lenght=187674 ETGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA FTGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA GGTTCGTTATTACAATGAGGAAAGAATACAATTAAAATTAAATGGACTGAGCCCTGTTCB >contig00003 lenght=187674 HTGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA IGTTCGTTATTACAATGAGGAAAGAATACAATTAAAATTAAATGGACTGAGCCCTGTTCBRegexp:
sed -n -e '0,/>contig00002/d;/>contig00003/q;p' foo.txtVystup:
ETGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA FTGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA GGTTCGTTATTACAATGAGGAAAGAATACAATTAAAATTAAATGGACTGAGCCCTGTTCB
Doporučuji vybodnout se na sed a použít awk.
Šel bych na to tak, že bych napsal awk skript:
AbcLinuxu.cz
ITBiz.cz
HDmag.cz
AbcPráce.cz
15.7.2019 13:46
contig.awk:
#!/usr/bin/awk -f
BEGIN { output = 0
while (getline key < key_file) ++keys[key] }
$0 in keys { print $0; output = 1; next }
/^>contig/ { output = 0; next }
output { print $0 }
Skript by měl být spustitelný:
chmod +x contig.awk
Skript bere soubor se seznamem hlaviček jako argument (proměnnou) key_file, zatímco velký soubor, ze kterého má vyfiltrovat sekvence, bere jako standardní vstup a píše pak na standardní výstup.
Když budu mít následující dva soubory, …
contigs.txt:
>contig00001 len=194432 ATTTAATGCCTCCACCACTAACGTTGAATCGTGCTGTTTCTGCAATCGCCAACCAACCAC TTGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA >contig00002 len=187674 TGTTCGTTATTACAATGAGGAAAGAATACAATTAAAATTAAATGGACTGAGCCCTGTTCA ATACAGAATTCAGTCCTTAAAATAACAGTCTAACTTTTCGGGGTCAGATCACAGTAATAG >contig00003 len=113760 AATTATTTAATTTGCCATGTTTCTTTATTTCTGCACTTTGGCAAAATGGGCAGTTTTTTA TTCATATTTCAAAAAGAGGGCTTAAAGCCTTGTACTATAAGGCTTTAAGCCACTTTTTAG
keys.txt:
>contig00001 len=194432 >contig00003 len=113760
…spustím to celé takto:
./contig.awk -v key_file=keys.txt < contigs.txt
To^^^ mi vypíše (celé) dvě sekvence z contigs.txt podle klíčů v keys.txt, včetně těch klíčů a bez ohledu na délku sekvencí. Pokud jsem zadání správně pochopil, tohle by mělo být ono.
Samozřejmě by sis to musel trochu upravit v případě, že formát souborů umožňuje prázdné řádky a/nebo komentáře.
Tiskni
Sdílej:
