Byla vydána nová major verze 34.0.0 webového prohlížeče Pale Moon (Wikipedie) vycházejícího z Firefoxu. Přehled novinek v poznámkách k vydání.
Win8DE je desktopové prostředí pro Wayland, inspirované nechvalně proslulým uživatelským rozhraním Metro z Windows 8. Nabízí dlaždicové rozhraní s velkými tlačítky a jednoduchou navigací, optimalizované pro dotyková zařízení. Cílem projektu je přetvořit design operačního systému Windows 8 do funkčního a minimalistického rozhraní vhodného pro každodenní použití na Linuxu.
Laboratoře CZ.NIC vydaly Datovku 4.28.0 a Mobilní Datovku 2.6.0. Hlavní novinkou je ukládání rozpracovaných datových zpráv do konceptů. Datovka je svobodné multiplatformní aplikace pro přístup k datovým schránkám a k trvalému uchovávání datových zpráv v lokální databázi.
Unix Pipe Game je vzdělávací karetní hra zaměřená na děti a rodiče, která děti učí používat unixové příkazy prostřednictvím interaktivních úkolů. Klíčovým prvkem hry je využití symbolu | pro pipeline neboli 'rouru', který umožňuje propojit výstupy a vstupy jednotlivých unixových příkazů, v tomto případě vytištěných na kartičkách. Předpokládá se, že rodič má alespoň nějaké povědomí o unixových příkazech a jejich provazování pomocí |.
… více »PCIem je linuxový framework, který vytváří virtuální zařízení PCIe pomocí technik, které umožňují hostitelskému operačnímu systému rozpoznat tyto syntetické 'neexistující' karty jako fyzické zařízení přítomné na sběrnici. Framework PCIem je primárně zamýšlen jako pomůcka pro vývoj a testování ovladačů bez nutnosti použít skutečný hardware. Dle tvrzení projektu si fungování PCIem můžeme představit jako MITM (Man-in-the-Middle), který se nachází mezi ovladači a kernelem.
Byla nalezena vážná bezpečnostní chyba v telnetd z balíčku GNU InetUtils. Týká se verzí GNU InetUtils od 1.9.3 z 12. května 2015 až po aktuální 2.7 z 14. prosince 2025. Útočník může obejít autentizaci a získat root přístup, jelikož telnetd nekontroluje předaný obsah proměnné prostředí USER a pokud obsahuje "-f root"…
Stanislav Aleksandrov předložil patch rozšiřující KWin (KDE Plasma) na 3D virtuální desktopové prostředí (videoukázka v mp4).
Digg (Wikipedie), "místo, kde můžete sdílet a objevovat to nejlepší z internetu – a nejen to", je zpět. Ve veřejné betě.
Po .deb balíčcích Mozilla nově poskytuje také .rpm balíčky Firefoxu Nightly.
Vývojové prostředí IntelliJ IDEA slaví 25. narozeniny (YouTube).
>contig00001 lenght=194432 ATTTAATGCCTCCACCACTAACGTTGAATCGTGCTGTTTCTGCAATCGCCAACCAACCAc BBGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA CTGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA DTGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA >contig00002 lenght=187674 ETGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA FTGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA GGTTCGTTATTACAATGAGGAAAGAATACAATTAAAATTAAATGGACTGAGCCCTGTTCB >contig00003 lenght=187674 HTGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA IGTTCGTTATTACAATGAGGAAAGAATACAATTAAAATTAAATGGACTGAGCCCTGTTCBRegexp:
sed -n -e '0,/>contig00002/d;/>contig00003/q;p' foo.txtVystup:
ETGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA FTGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA GGTTCGTTATTACAATGAGGAAAGAATACAATTAAAATTAAATGGACTGAGCCCTGTTCB
Doporučuji vybodnout se na sed a použít awk.
Šel bych na to tak, že bych napsal awk skript:
AbcLinuxu.cz
ITBiz.cz
HDmag.cz
AbcPráce.cz
15.7.2019 13:46
contig.awk:
#!/usr/bin/awk -f
BEGIN { output = 0
while (getline key < key_file) ++keys[key] }
$0 in keys { print $0; output = 1; next }
/^>contig/ { output = 0; next }
output { print $0 }
Skript by měl být spustitelný:
chmod +x contig.awk
Skript bere soubor se seznamem hlaviček jako argument (proměnnou) key_file, zatímco velký soubor, ze kterého má vyfiltrovat sekvence, bere jako standardní vstup a píše pak na standardní výstup.
Když budu mít následující dva soubory, …
contigs.txt:
>contig00001 len=194432 ATTTAATGCCTCCACCACTAACGTTGAATCGTGCTGTTTCTGCAATCGCCAACCAACCAC TTGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA >contig00002 len=187674 TGTTCGTTATTACAATGAGGAAAGAATACAATTAAAATTAAATGGACTGAGCCCTGTTCA ATACAGAATTCAGTCCTTAAAATAACAGTCTAACTTTTCGGGGTCAGATCACAGTAATAG >contig00003 len=113760 AATTATTTAATTTGCCATGTTTCTTTATTTCTGCACTTTGGCAAAATGGGCAGTTTTTTA TTCATATTTCAAAAAGAGGGCTTAAAGCCTTGTACTATAAGGCTTTAAGCCACTTTTTAG
keys.txt:
>contig00001 len=194432 >contig00003 len=113760
…spustím to celé takto:
./contig.awk -v key_file=keys.txt < contigs.txt
To^^^ mi vypíše (celé) dvě sekvence z contigs.txt podle klíčů v keys.txt, včetně těch klíčů a bez ohledu na délku sekvencí. Pokud jsem zadání správně pochopil, tohle by mělo být ono.
Samozřejmě by sis to musel trochu upravit v případě, že formát souborů umožňuje prázdné řádky a/nebo komentáře.
Tiskni
Sdílej:
