Od soboty do úterý probíhá v Hamburku konference 39C3 (Chaos Communication Congress) věnovaná také počítačové bezpečnosti nebo hardwaru. Program (jiná verze) slibuje řadu zajímavých přednášek. Streamy a záznamy budou k dispozici na media.ccc.de.
Byl představen nový Xserver Phoenix, kompletně od nuly vyvíjený v programovacím jazyce Zig. Projekt Phoenix si klade za cíl být moderní alternativou k X.Org serveru.
XLibre Xserver byl 21. prosince vydán ve verzi 25.1.0, 'winter solstice release'. Od založení tohoto forku X.Org serveru se jedná o vůbec první novou minor verzi (inkrementovalo se to druhé číslo v číselném kódu verze).
Wayback byl vydán ve verzi 0.3. Wayback je "tak akorát Waylandu, aby fungoval Xwayland". Jedná se o kompatibilní vrstvu umožňující běh plnohodnotných X11 desktopových prostředí s využitím komponent z Waylandu. Cílem je nakonec nahradit klasický server X.Org, a tím snížit zátěž údržby aplikací X11.
Byla vydána verze 4.0.0 programovacího jazyka Ruby (Wikipedie). S Ruby Box a ZJIT. Ruby lze vyzkoušet na webové stránce TryRuby. U příležitosti 30. narozenin, první veřejná verze Ruby 0.95 byla oznámena 21. prosince 1995, proběhl redesign webových stránek.
Všem čtenářkám a čtenářům AbcLinuxu krásné Vánoce.
Byla vydána nová verze 7.0 linuxové distribuce Parrot OS (Wikipedie). S kódovým názvem Echo. Jedná se o linuxovou distribuci založenou na Debianu a zaměřenou na penetrační testování, digitální forenzní analýzu, reverzní inženýrství, hacking, anonymitu nebo kryptografii. Přehled novinek v příspěvku na blogu.
Vývojáři postmarketOS vydali verzi 25.12 tohoto před osmi lety představeného operačního systému pro chytré telefony vycházejícího z optimalizovaného a nakonfigurovaného Alpine Linuxu s vlastními balíčky. Přehled novinek v příspěvku na blogu. Na výběr jsou 4 uživatelská rozhraní: GNOME Shell on Mobile, KDE Plasma Mobile, Phosh a Sxmo.
Byla vydána nová verze 0.41.0 multimediálního přehrávače mpv (Wikipedie) vycházejícího z přehrávačů MPlayer a mplayer2. Přehled novinek, změn a oprav na GitHubu. Požadován je FFmpeg 6.1 nebo novější a také libplacebo 6.338.2 nebo novější.
Byla vydána nová verze 5.5 (novinky) skriptovacího jazyka Lua (Wikipedie). Po pěti a půl letech od vydání verze 5.4.
>contig00001 lenght=194432 ATTTAATGCCTCCACCACTAACGTTGAATCGTGCTGTTTCTGCAATCGCCAACCAACCAc BBGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA CTGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA DTGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA >contig00002 lenght=187674 ETGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA FTGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA GGTTCGTTATTACAATGAGGAAAGAATACAATTAAAATTAAATGGACTGAGCCCTGTTCB >contig00003 lenght=187674 HTGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA IGTTCGTTATTACAATGAGGAAAGAATACAATTAAAATTAAATGGACTGAGCCCTGTTCBRegexp:
sed -n -e '0,/>contig00002/d;/>contig00003/q;p' foo.txtVystup:
ETGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA FTGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA GGTTCGTTATTACAATGAGGAAAGAATACAATTAAAATTAAATGGACTGAGCCCTGTTCB
Doporučuji vybodnout se na sed a použít awk.
Šel bych na to tak, že bych napsal awk skript:
AbcLinuxu.cz
ITBiz.cz
HDmag.cz
AbcPráce.cz
15.7.2019 13:46
contig.awk:
#!/usr/bin/awk -f
BEGIN { output = 0
while (getline key < key_file) ++keys[key] }
$0 in keys { print $0; output = 1; next }
/^>contig/ { output = 0; next }
output { print $0 }
Skript by měl být spustitelný:
chmod +x contig.awk
Skript bere soubor se seznamem hlaviček jako argument (proměnnou) key_file, zatímco velký soubor, ze kterého má vyfiltrovat sekvence, bere jako standardní vstup a píše pak na standardní výstup.
Když budu mít následující dva soubory, …
contigs.txt:
>contig00001 len=194432 ATTTAATGCCTCCACCACTAACGTTGAATCGTGCTGTTTCTGCAATCGCCAACCAACCAC TTGACGCCGCGCCAGGTTCATCACGATTGCTAAATAATGCCATTCCCCCTGTACCTTCAA >contig00002 len=187674 TGTTCGTTATTACAATGAGGAAAGAATACAATTAAAATTAAATGGACTGAGCCCTGTTCA ATACAGAATTCAGTCCTTAAAATAACAGTCTAACTTTTCGGGGTCAGATCACAGTAATAG >contig00003 len=113760 AATTATTTAATTTGCCATGTTTCTTTATTTCTGCACTTTGGCAAAATGGGCAGTTTTTTA TTCATATTTCAAAAAGAGGGCTTAAAGCCTTGTACTATAAGGCTTTAAGCCACTTTTTAG
keys.txt:
>contig00001 len=194432 >contig00003 len=113760
…spustím to celé takto:
./contig.awk -v key_file=keys.txt < contigs.txt
To^^^ mi vypíše (celé) dvě sekvence z contigs.txt podle klíčů v keys.txt, včetně těch klíčů a bez ohledu na délku sekvencí. Pokud jsem zadání správně pochopil, tohle by mělo být ono.
Samozřejmě by sis to musel trochu upravit v případě, že formát souborů umožňuje prázdné řádky a/nebo komentáře.
Tiskni
Sdílej:
