Prehliadanie medicínskeho CD 2: Prehliadač dicomscope.

8.11.2019 20:10 | Přečteno: 3987× | Bežná práca s Desktopom

Ako bolo uvedené v predchádzajúcom zápisku, tak medicína už neposkytuje klasické RTG snímky na fólii. Dodáva ich v elektronickej forme na bežnom optickom médiu CD. Toto CD obvykle obsahuje obrázky vo formáte DICOM medical imaging data. Takže ideme na to s pomocou nástrojov ktoré sú dostupné priamo v bežnej distribúcii.

Potrebné nástroje:

Balík mount s príkazmi mount a losetup ktoré zvyknú byť inštalované vo východzom stave.
Balík sudo s rovnomenným príkazom, alebo jeho obdobu su na eskaláciu práv. Závisí od typu distribúcie čo preferuje vo východzom stave.
Balík dicomscope určený na prehliadanie čiernobielych medicínskych obrázkov typu DICOM.

Pripojíme si obraz média získaný v druhom zápisku:

Parametre príkazu boli už opísané, takže ich nie je treba rozpisovať.

golisp@WEB:~$ sudo mount -v RTG-chrbat-20191029.iso /mnt/cdrom -o loop
[sudo] password for golisp:
mount: /mnt/cdrom: WARNING: device write-protected, mounted read-only.
mount: /dev/loop0 mounted on /mnt/cdrom.

Skontrolujeme si obsah poskytnutého média:

Pozrieme si obsah poskytnutého média, aj s identifikáciou obsahu. Výstup odfiltrujeme len na medicínske obrázky (DICOM):

golisp@WEB:~$ find /mnt/cdrom/ | xargs file|grep DICOM
/mnt/cdrom/DICOM:                                        directory
/mnt/cdrom/DICOM/00000001:                               directory
/mnt/cdrom/DICOM/00000001/00000001:                      directory
/mnt/cdrom/DICOM/00000001/00000001/00000000:             DICOM medical imaging data
/mnt/cdrom/DICOM/00000001/00000002:                      directory
/mnt/cdrom/DICOM/00000001/00000002/00000000:             DICOM medical imaging data
/mnt/cdrom/DICOM/00000002:                               directory
/mnt/cdrom/DICOM/00000002/00000001:                      directory
/mnt/cdrom/DICOM/00000002/00000001/00000000:             DICOM medical imaging data
/mnt/cdrom/DICOM/00000002/00000002:                      directory
/mnt/cdrom/DICOM/00000002/00000002/00000000:             DICOM medical imaging data
/mnt/cdrom/DICOMDIR:                                     DICOM medical imaging data

Takže máme krátky zoznam štyroch obrázkov ktoré ovšem nemajú koncovky. Dodanému medicínskemu prehliadaču ktorý bol na danom CD to vôbec nevadí, ale bežný človek by sa mohol zapotiť pri ich hľadaní. Tieto obrázky sú predpokladateľne v priečinku DICOM, v ktorom sú dva podpriečinky pre dve štúdie. A v nich zas po dve snímky. Presne tak, ako bolo vidno na druhom obrázku z dodaného prehliadača ktorý zahŕňal výber snímok.

Pozrieme si teda dostupné snímky:

V Linuxe existuje množstvo dostupných programov pre prácu s obrázkami DICOM. Kto chce, môže si ich pohľadať príkazom apt search dicom .
Ja som si vybral program dicomscope z rovnomenného balíka. Samotný program je vytvorený v Jave, ale jeho inštalácia si dotiahne všetky závislosti. Takže si ten program spustíme:

golisp@WEB:~$ dicomscope
starting DICOMscope
please wait...

A objaví sa okno:

Vľavo hore je ikonka na otvorenie súboru. Po kliknutí na ňu sa otvorí prastarý dialóg v ktorom otvoríme snímku /mnt/cdrom/DICOM/00000001/00000002/00000000 ktorá sa nám následne zobrazí:

Poznámka cez čiaru: Pri spustení neodporúčam stáť v priečinku kam je pripojené dané médium, inak zobrazí divné popisy. Presnejšie povedané, vo verzii dostupnej v Ubuntu 18.04.

To je pre dnešok všetko. Na budúce sa pozrieme či na tomto CD nie je ešte niečo zaujímavé.

PS: Nález z RTG mám na papieri, a potreboval som sa len pozrieť na obrázok. Zvyšok si už prejdem na konzultácii s odborným lekárom pre ktorého sú tieto snímky primárne určené.        

Obrázky

Komentáře

[Karel Benák]

Muhehe, tuhle jsem hledal pro Blanku vhodný program na prohlížení těchto snímků a ani nevím u čeho jsme skončili. Občas chce někdo konzultaci k snímkům a pak narychlo sháním browser. Používá PACS IQWeb a na prohlížení má speciální monitor. Mě to připadá jako duchařina, ale ona ty rozdíly v šedi fakt vidí. Má to prostě nakoukané :D

[Gréta]

jako jestli má monitor na rengeny tak pod ním má určitě stoleček na stolečku zámeček za zámečkem šuplíček a v šuplíčku určitě strašně moc omluvenek na čédinu pro jednu takovou grétu z internetu ;D šlo by nějakou omluvenku naskenovat že bych si pak vyplnila datum čas nemoc a tak?? moc prosim??

[Karel Benák]

Musím Tě zklamat, žádné omluvenčičky doma nevedeme. Manželka pracuje na RTG => neschopenky nevystavuje, naopak, když se k ní chce člověk dostat, musí mít žádanku od praktika nebo specialisty. A víš jak to mají naše děti se simulováním nemoci? Hodně, ale opravdu hodně blbé! Teplota je měřena přímo maminkou lékařkou, bolavá bříška po jedení se rozcházejí pomocí procházky ... Zameškávání školy se jim netrpí. Na druhou stranu, nebojí se pak ani zubařky.

[Gréta]

a to si zase myslim že neni uplně fér. patočková s kropáčkovou splou seděj ve společný lavici a jednou obě chytly ve stejnou dobu chřipku. patočková dostala od doktora omluvenku na čtrnáct dní a kropáčková od vlastní mamky doktorky jenom blbý tři dny. a kropáčková se patočkovou kuli tomu děsně pohádala a od tý doby dlouho seděla patočková v lavici vzádu u o oken a kropáčková vepředu u dveří a vubec se navzájem nezdravily a naschvál každá koukala bokem a navzájem se naprašovaly že má ta druhá taháka a o těláku vždycky obě hrály proti sobě.  ale jednou jsme měly nějakej kickbox nebo co a kropáčková se s patočkovou tak hrozně porvaly že tam pak jedna ležela knockoutnutá a druhá měla vyraženej zub. ale od tý doby to jsou zase nejepší kámošky protože tentokrát dostala měsíc volna každá a navíc po zbytek školního roku chodily ke školnímu psychologoj a vždycky místo čédiny.

[Karel Benák]

Víš, měli bychom se bavit jak dva lidi, co mají společný zájem, Linux, a ne jak starej fort s někým, kdo ze sebe z nějakého, mě neznámého a asi nepochopitelného, důvodu dělá blbku/blba. Pokud tedy nemáš nic podnětného k příspěvku, raději ani neodpovídej.

[Fluttershy, yay!]

OK Boomer

[Jendа]

Já mám na cédéčku se svým vnitřkem napsáno „Použití obsahu tohoto disku k publikačním účelům pouze se souhlasem ZRIR IKEM“. Ty můžeš svoje snímky takhle šířit?

[Peter Golis]

Mne tam takú limitáciu nedali. Ale kľudne ma môže firma TatraMed osloviť, aj so spoločnosťou Perennity sprl-bvba. Je to snímok môjho tela.

[Andrej]

Aby si nebol prekvapeny. Hedy Lamarr tiez Corel za pouzivanie kresby jej tvare na krabici CorelDRAW! nic nechcel zaplatit s vysvetlenim ze ona nevlastni prava na obrazok svojej tvare. Nakoniec sa nejako mimosudne dohodli a nieco malo jej zaplatili.

[Peter Golis]

Jednalo sa o obrázok ktorý vyhral v súťaži ktorá bola vyhlásená firmou Corel. Podmienkami takých typov súťaží bolo aj odovzdanie práv usporiadateľovi na všetky zaslané obrázky. Takže Corel nemohol prehrať keď hociktoré snímky z tej súťaže použil vo svoj prospech.

Takých pokusov bolo viac, dokonca aj Jakubisko sa súdil s STV o práva na "jeho" filmy. V čase keď sa spolupodieľal na ich tvorbe bol radový zamestnanec, takže práva na ne mal jeho zamestnávateľ. A navyše dostal za to riadne zaplatené podľa zákonníka práce, takže si tie práva nemohol vziať namiesto chýbajúcej výplaty.

Skús mi povedať ako ten tebou spomenutý prípad súvisí s týmto mojím prípadom. Ja v tom súvis nevidím.

[Gréta]

když o tom budeš uvažovat jako o obyč fotce tak aby byla autorským dílem musí být jedinečným výsledkem tvůrčí činosti toho danýho autora. jestli by existoval jinej stroj kterej by s jiným doktorem udělal +- stejnou fotku tak to imho nemůže bejt autorsky chráněný. možná tam maj v tom ikemu nějakej unikátní protonovej rengen :D jak je to ale s lékařským tajemstvím nevim a jsem líná to zišťovat ale myslim si že ho sám pacient muže vykecat.

ale pořád to cédo mužeš hodit hřbetem na kamenou podlahu a ošubrovat ho nohou aby to bylo nečitelný a pak říct "to už bylo" ;D

[Georgius]

Tam jde v první řadě o něco jiného než leaknutí rentgenu na ábíčko, popíšu na fiktivním případu:

Pacient X má vzácnou chorobu Y. Internista I má na chorobu Y podezření a tak pošle pacienta X k radiologovi R, který řekne laborantovi L jak má udělat obrázky (nebo to laborant udělá samostatně, podle toho co to konkrétně je). R nález popíše a odešle I, který se zaraduje že se trefil a rozhodne se napsat odborný článek do časopisu internistů čínských. Tam použije obrázek. K textu/článku dr. R nedá ani čuchnout.

Proč to může být/je špatně:

1. dr. I si "přivlastňuje" cizí (autorské ?) dílo
2. dr. I vybere blbý/málo reprezentativní obrázek
3. nebude správný popis obrázku
4. dr. R může svým pohledem dát "přidanou hodnotu" článku
5. last but not least se vědecká úspěšnost jedince i pracoviště poměřuje (tzv. "kdo ho má delšího") podle počtu článků a jejich citací. "Souhlas ZRIR" může být podmíněn poděkováním, pokud přidaná hodnota R je malá (t.j. něco jako "autoři chtějí děkují R. a pracovišti ZRIR za poskytnutí obrazové dokumentace" což je jenom druh reklamy ZRIR, ale nic si za to nikdo nekoupí, ale je to slušnost od I) nebo vezmou R. jako spoluautora. A pak se "sláva" dělí i na toho, kdo správnou výrobou a popisem obrázku přispěl k celkovému zdaru článku

[Peter Golis]

To ovšem nie je môj prípad, ja si leštím ego len nad informáciou "ako si môže pacient pozrieť svoje fotky, ktoré by kedysi videl na filme". A to aj bez OS ktorý bez problémov stiahne užívateľove dáta na iný kontinent.

Preto nemám problém ani keby ma výrobcovia SW alebo zhotovitelia snímok priamo konfrontovali. A bol by som aj rád.

[Georgius]

Tak jsem to nainstaloval a je to fakt hrozná plečka. Na jeden obrázek (např tu chrpticu) je lepší imagej, dá se v tom alespoň rozumně měřit (například úhly, vzdálenosti ale i plochy, denzity, intenzity atd). Jak v tom otevřít víc řezů (to bezbolestně umí aeskulap) nebo přepínat mezi více snímky (to umí imageJ) jsem neobjevil. K čemu je dobrý dicomscope fakt nevím.

[_]

Takové plané teoretizování když nevystvavíš obsah toho CD. Lámat si ruku, abych to mohl zkusit, nebudu.

[Georgius]

Pánové, to je takový problém si nějaký DICOM najít ? Dá se třeba vykuchnout tady - přímý link tu (DICOMy jsou typicky velké jako kráva, zejména "obyčejné" rentgeny ...)

[Peter Golis]

Stačí ísť k zubárovi, panoráma by sa mala robiť každých 5 rokov. Jeden by neveril.

[Gréta]

si ho zubák nechal u sebe v kompu :'(

[Grunt]

3D Slicer. Taky je to na DICOM a pokud těch obrázků máš víc, můžeš si z nich seskládat voxelový model. Akorát je to obrovská mrcha.

[Georgius]

hlavně umí výstupy pro 3D tisk, ale jinak jsem tomu pythonímu mastodontovi nějak nepřišel na chuť.

[Jendа]

Invesalius umí přímo exportovat STL, takže si to pak můžeš vytisknout na 3D tiskárně!