Prehliadanie medicínskeho CD 1: Prehliadač TatraMed.

5.11.2019 10:52 | Přečteno: 2641× | Bežná práca s Desktopom | poslední úprava: 5.11.2019 10:53

Medicína od minulého tisícročia prešla digitalizáciou, a tým pádom sa už RTG snímky nezvyknú prenášať v hnedej obálke ako sa to robilo kedysi s filmami. Hotové snímky sú dostupné na vypálenom CD ktoré človek odovzdá priamo lekárovi. Je pravda že tu už máme rozbehnutý projekt eHealth ktorý by mal zdieľať zdravotné informácie medzi jednotlivými lekármi, ale prax je stále iná.
Takže v tomto zápisku si pozrieme ako sa dá zobraziť medicínske CD v počítači s OS Linux a Wine.

Potrebné nástroje:

Pripojené médium s RTG snímkami.
Balík typu wine na spustenie ovládacieho programu, obvykle aj s 32bit kompatibilitou v systéme.
Programový balík command-not-found ktorý poradí pri preklepoch alebo nenainštalovanom balíčku.

Ideme si pozrieť obsah daného média:

Od predchádzajúceho zápisku Nahratie ISO z optického média 2: Príkazový riadok s cdrdao. máme stále pripojený ISO obraz, takže sa jednoducho nastavíme do prípojného bodu a pozrieme čo zaujímavého je v ňom:

golisp@WEB:~$ cd /mnt/cdrom/
golisp@WEB:/mnt/cdrom$ ls -l *.[eE][xX][eE]
-r--r--r-- 1 nobody nogroup  2464768 Oct 29 08:08 cpr_hlp.exe
-r--r--r-- 1 nobody nogroup 27684352 Oct 29 08:08 TomoConLite.exe
golisp@WEB:/mnt/cdrom$ wine TomoConLite.exe

Command 'wine' not found, but can be installed with:

sudo apt install wine-development
sudo apt install wine-stable

Ajhľa, nemáme nainštalované Wine. Ale terminál nám rovno poradil ako sa môže daný program doinštalovať. Beriem stabilnú verziu:

golisp@WEB:/mnt/cdrom$ sudo apt install wine-stable
[sudo] password for golisp:

Wine bolo teda nainštalované. Takže ešte raz:

golisp@WEB:/mnt/cdrom$ wine TomoConLite.exe
it looks like wine32 is missing, you should install it.
multiarch needs to be enabled first.  as root, please
execute "dpkg --add-architecture i386 && apt-get update &&
apt-get install wine32"
wine: created the configuration directory '/home/golisp/.wine'
0014:err:ole:marshal_object couldn't get IPSFactory buffer for interface {00000131-0000-0000-c000-000000000046}
0014:err:ole:marshal_object couldn't get IPSFactory buffer for interface {6d5140c1-7436-11ce-8034-00aa006009fa}
0014:err:ole:StdMarshalImpl_MarshalInterface Failed to create ifstub, hres=0x80004002
0014:err:ole:CoMarshalInterface Failed to marshal the interface {6d5140c1-7436-11ce-8034-00aa006009fa}, 80004002
0014:err:ole:get_local_server_stream Failed: 80004002
0012:err:ole:marshal_object couldn't get IPSFactory buffer for interface {00000131-0000-0000-c000-000000000046}
0012:err:ole:marshal_object couldn't get IPSFactory buffer for interface {6d5140c1-7436-11ce-8034-00aa006009fa}
0012:err:ole:StdMarshalImpl_MarshalInterface Failed to create ifstub, hres=0x80004002
0012:err:ole:CoMarshalInterface Failed to marshal the interface {6d5140c1-7436-11ce-8034-00aa006009fa}, 80004002
0012:err:ole:get_local_server_stream Failed: 80004002
Could not load wine-gecko. HTML rendering will be disabled.
it looks like wine32 is missing, you should install it.
multiarch needs to be enabled first.  as root, please
execute "dpkg --add-architecture i386 && apt-get update &&
apt-get install wine32"
Could not load wine-gecko. HTML rendering will be disabled.
wine: configuration in '/home/golisp/.wine' has been updated.
it looks like wine32 is missing, you should install it.
multiarch needs to be enabled first.  as root, please
execute "dpkg --add-architecture i386 && apt-get update &&
apt-get install wine32"
wine: Bad EXE format for Z:\mnt\cdrom\TomoConLite.exe.

Výpis sa sťažuje na chýbajúcu 32bit architektúru i386, a tomu zodpovedajúci balík wine32. Dodaný program bol 32bit, a môj notebook bol inštalovaný ako čisto 64bit bez 32bit kompatibility. Doteraz som ju nepotreboval. Takže to ideme napraviť:

golisp@WEB:/mnt/cdrom$ sudo sh -c 'dpkg --add-architecture i386 && apt-get update && apt-get install wine32'

Rozsah balíkov pre podporu 32bit systému nekomentujem. Ale poďme do tretice skúsiť spustenie daného programu:

golisp@WEB:/mnt/cdrom$ wine TomoConLite.exe
0009:err:winediag:SECUR32_initNTLMSP ntlm_auth was not found or is outdated. Make sure that ntlm_auth >= 3.0.25 is in your path. Usually, you can find it in the winbind package of your distribution.

A privíta nás sprievodca:

Po odklepnutí jazyka sa program naštartuje bez najmenšieho problému. Prikladám scenzurované obrázky:

Výber snímok:


Snímka krčnej chrbtice zboku:

Na snímke krásne vidíte pricvaknuté krčné stavce 5 a 6. Takto dopadnete ak nebudete mať monitor vo výške očí, a vyrovnaný chrbát.

To je pre dnes všetko. Nabudúce sa pozrieme či je možné pozrieť sa na takéto médium aj inak.

PS: Prečo nejsť cestou najmenšieho odporu a nepoužiť priamo OS Windows pre ktoré je toto CD určené? Odpoveď je jednoduchá. Nemám dôvod použiť Windows, a tým pádom som si nepriplácal za licenciu. Navyše sa mi nepáči typ prehnanej telmetrie keď človek nemá kontrolu nad svojími dátami. Už to z hľadiska GDPR vadí aj Európskej Únii, menovite úradu Úradu Európskej únie pre dohľad nad ochranou dát (EDPS).

       

Obrázky

Komentáře

[Max]

Jde ty krční obratle pak rozhejbat na původní pozice? Asi by mělo stačit posilovat a mohlo by se to zase srovnat, ne? Rozumné cvičení s cílem posílení svalů dělá s páteří jako takovou docela divy.
Zdar Max

[Peter Golis]

Bol som dnes objednaný ku lekárovi, ale odložil to na zajtra. Testoval či nechcem obstreky alebo masáže, ale nie. Chcem hlavne cviky na posilnenie aj krku. Chrbát sa mi aj s mojou (dúfam že už len) bývalou lordózou a skoliózou narovnal pri športe a turistike, ale trvalo to cez 2 roky. Neľutujem, na výletoch som videl a zažil kadečo.

[Max]

Já si myslím, že nic, než cvičení nepomůže. Obstřiky a masáže jsou dočasné a řeší jen následek (momentální bolest), nikoli příčinu.
A to je problém cvičení, spousta lidí očekává, že za dva týdny cvičení to bude ok a netuší, že jako ostatní podobné věci je to běh na delší trať a vyžaduje to nějaký režim / pravidelnost.
Kolegu v poslední době trápili kolena. Jeden doktor ho tlačil na operaci, ale on tam nechtěl, hlavně kvůli tomu, že chtěl dát pacifickou hřebenovku.
Na operaci nešel, na pacifické hřebenovce dal 1200km a pak si odskočil na trail do Nepálu kolem Annapurny, kde dal přes 200km s výsledkem, že problém s koleny zmiznul.
Je to sice příklad extrémem, ale také je to příklad toho, že spoustu věcí vyřeší sport.
Zdar Max
PS: bratránek se skoliozou, který začal cvičit v posilce by o tom také mohl vyprávět

[Peter Golis]

To by ma zaujímalo jak riešil opotrebenie chrupaviek,to nie je sranda. To mu mohlo odpáliť kolená. I keď zobrať si kilovú pixlu živočíšnej želatíny aj s vitamínom C nie je problém. Tak som to začal riešiť ja, keď som z nejakých ani nie 500Km/rok začal dvíhať cez 1800Km/rok až po vlaňajších 4700Km/rok. Teraz som len na cca 4300Km, a čakám kým prestane pršať nech si znova zajazdím (a možno aj zas nazbieram na pol ceste huby).

[Max]

On ale neměl problémy s chrupavka. Opotřebený chrupavky asi moc dobře řešit nejde. Co jsem slyšel naposledy, tak asi nejúčinnější je, když doktor do kolena stříkne HA, případně nějaké jiné roztoky, co zpomalují proces degradace / usnadní na nějakou dobu "promazávání". Ale nevím, moc se tím nezabývám, nechci psát bludy.
Zdar Max

[Peter Golis]

On si tie problémy mohol spôsobiť, ak by mu telo nestihlo obnovovať chrupavky počas toho záťahu. Ale k dal na tej túre takú štreku bez elektriky (a naložený na kempovanie), tak asi vedel o rizikách a pripravil sa na ne. Skús sa ho prosím opýtať jak riešil tie kĺby.

Ohľadne kyseliny Hyaluronovej, tak tá sa s obľubou používa na obstreky kĺbov. Ale do troch mesiacov odtiaľ zmizne a človek má rovnaký problém ako pred obstrekom. Opisy chirurgických metód obnovy kĺbovej hybnosti radšej vynechám. Mne išlo o komplexnú obnovu chrupaviek vrátane chrbtice, nielen v kĺboch na rukách alebo nohách.

[Max]

Neřešil je nijak. Prostě vyrazil, kolena ho přestaly bolet a za tu dobu neměl problém.
Zdar Max

[Peter Golis]

Tak to bol mladší a/alebo trénovanejší ako ja. Pamätám si keď ako mi vŕzgali kolená na drobnom výletíku medzi 30Km a 50Km, potom to prestalo. A znova to začalo hneď nasledujúce ráno. Vtedy som si kúpil ten keratín, a dobre som urobil. Pomohlo to aj na chronickú bolesť chrbta.

[Max]

Mně se kolena rozvržou, když mám hektické období a pořád dřepím u PC. Prostě se to chce hejbat, hejbat, hejbat.
Zdar Max

[Peter Golis]

Pravidelný pohyb treba, rozumných dávkach.

[otasomil]

Já si myslím, že nic, než cvičení nepomůže. Obstřiky a masáže jsou dočasné a řeší jen následek (momentální bolest), nikoli příčinu.

Tak jak pisete. Nenarocne cviceni vhodnych pozic jogy pomaha hodne ale je dulezita pravidelnost tedy kazdy den a casto i vicekrat denne. Je to i odpocinek, relaxace, uklidneni, zlepseni nalady. Aplikuji jiz nekolik let denne i dvakrat s uspokojujicim vysledkem.

[vencour]

Skoro od mala mam skoliózu, už vyléčenou.
Potvrzuju, cvičení pomáhá. Tj. jak na břicho tak na záda. A taky nějaký rozum u tahání těžších věcí, zvedat nohama a neohýbat se.
A samozřejmě neprochladnout apod. A před námahou zahřát svaly, tělo. Jako u motoru, když má podat výkon, nejdřív připravit.

Dík za zápisek.

[Wex]

Nejsou ty obrázky ve formátu DICOM? To by pak stačilo použít ImageJ s DICOM pluginem a nemuselo by se pracovat s wine. Ale zase to má horší uživatelské rozhraní.

[Peter Golis]

Sú, len majú dementé názvy. Ako som spomínal minule v diskusii, tak to bude v ďalšom dieli. Ak by bol záujem, tak pridám "ako na ďalší typ CD od iného dodávateľa" kde pribalili iný typ prehliadača na ktorý som kvalitne prskal. Akurát ten chrup prekryjem. Pre bežného človeka nie je o čo stáť.

[djaara]

Existuje i český multiplatformní Dicompass http://www.dicompass.cz/ .

[jiwopene]

DICOM by měl jít otevřít i v GIMPu.

[luky]

Kdyz jsem si to chtel otevrit ja, tak jsem na prvni pokus nainstaloval Ginkgo (dostupne v Debianu) a fungovalo to. Kdyz si da clovek hledat dicom, najde mu to tech aplikaci nekolik.

[debian+]

Moja skusenost - Na slovensku, kde som bol teraz v poslednych 30 dni, na rengene, tak som dostal CD. Vlozil do mechaniky a automatika nasla. Otvoril a bol tam 1 subor s formatom tiff. Pekne kukol v mnou preferovanom otvaraci obrazkov a bolo.

[Peter Golis]

Jak bola stará tá prevádzka v tej nemocnici čo poskytla TIFF?

[debian+]

Dali tam novy ten pristoj - bolo to niekedy pocas poslednych 2x365 dni. Pred 2 rokmi to nemali (alebo netusim ci bol iba nefunkcni).

[Peter Golis]

To je ešte fungl nové a moderné. Dosť často sa pacient stretáva so strojmi ktoré sú staršie ako on.

[debian+]

obycajny subor:

$ file *
???????????????.tif: TIFF image data, big-endian, direntries=12, height=1600, bps=8, compression=none, PhotometricIntepretation=BlackIsZero, width=3064

[Theraphosinae]

Nešel by přidat ten originální soubor, ať si to můžu vyzkoušet?

[jiwopene]

Včetně programu…

[Theraphosinae]

Klidně bez programu, chci otestovat linuxové aplikace.

[j]

A neni jednodussi ze v ustavu (choromyslnych) kde ti ten rtg porizuji pripojit na libovolnou wifi, a ty obrazky si proste postahovat, klidne primo z toho zarizeni na kterym byly vyrobeny? A pokud se chces pobavit, tak vcetne obrazku vsech ostatnich pacosu?

Jinak jak tu zaznelo, hodne casto je to obycejny tiff.

[Theraphosinae]

obycejny tiff

Povedzte Kefalín, čo vy si predstavujete pod takým slovom "obycejny tiff"?

Je to nejpodivnější grafický formát co existuje a většina složitějších aplikací používá různé víceméně nedokumentované extenze :)

[Peter Golis]

Názor že TIFF je obrázok ma vždy pobaví, rovnako ako že AVI a MKV sú filmy.

[jiwopene]

Wine má windowsí dekorace oken?

[Georgius]

Přátelé,

1. DICOM standard je starší než Linuxové jádro , takže pokud někde v roce 2019 dávají na CD JEN TIFF, tak jsou to zoufalci (například obstarožní stroj na snímkování zubů nebo jeho dementní implementace/digitalizace)
2. DICOM standard má proti TIFFu dvě základní výhody:
   1. obsahuje metadata (a spoustu zajímavých ! Od jména pacienta přes dávku záření po adresu instituce)
   2. je typicky 16bit číslo, takže se dá mnohem lépe zobrazit než 24-bit, ale RGB)
3. Prohlížet přes Wine - proč ne, ale jednodušší je použít něco, co už v systému je
   1. pokud je to jeden obrázek (jako tento RTG) tak je to skoro jedno, klidně GIMP
   2. pokud je to víc obrázků (CT, MR, ...) tak je lepší použít něco, co umí rozumně pracovat s více soubory, ideálně se souborem DICOMDIR. Dementní pojmenování souborů nevadí, spíš bývá problém v tom, že jsou soubory rozházeny v miliónu podadresářů. Ale to je právě definované v tom DICOMdiru
   3. Víc obrázků otevře například imagej, zmiňovaný starý dicompass, v repozitářích bydlící aeskulap (pozor, neumí měřit vzdálenosti)
   4. pro "serioznější" práci je lepší to převést do NIFTI formátu, například dcm2nii, dcm2niix, mcvertr atd a pak jsou prohlížečů (3D, objemy atd) mraky.
4. ten kdo psal o stahování souborů přes wifi - zkoušel jsi to někde v reálu ? Typicky se totiž wifi pro pacienty objeví až tehdy, když evoluce sítě dosáhne vlany a přebyde dost prostředků - v této fázi už místní IT opice bývají dostatečně gramotné aby vytvořily samostatnou a rozumně oddělenou síť pro návštěvníky. Jo a hodně štěstí při stahování dat pomocí DICOM protokolu

[Peter Golis]

Je dobré vidieť kvalitný príspevok, thumbs up!

Na otázku prečo nepoužiť niečo iné ako Wine mi poskytlo odpoveď CD s panorámou môjho chrupu. Na rozdiel od tohoto "viac snímkového RTG Chrbta" bolo plne digitálne (ten snímač bol nepohodlný). Nešlo to, bola tam spleť exe s javou, nejaké DMG pre OS X, a samotný program v Jave. Ten bol pozitívny.

Z programov ktoré sú v repozitároch mi aeskulap nesadol. Pozná síce DICOMDIR, ale nemá nastavenie kontrastu. A verzia 0.2.2b1+git20161206-4 pre Ubuntu 18.04 má problém vrátiť sa k štúdii ktorá bola pred tým otvorená. Proste pozrem jednu, pozrem druhú, vrátim sa k prvej a program zobrazí presýpačky ktoré mu ostanú. Novšiu verziu som neskúšal. Primárne mi išlo o to, pozrieť si a uchovať zdravotný záznam, ktorý sa ma týka. A bude sa ma týkať povedzme o rok alebo dva, aspoň na porovnanie stavu. S tým, že toto staršie CD už môže byť dávno v ...

Za to NIFTI Ď. Mám doma postarší scan CT kde by som si pozrel viac snímkové rezy. Nie je moje, takže snímky dát určite nebudú.

[xxxs]

ked som pred par rokmi aeskulap skusal, tak kontrast sa menil tahom mysi cez obrazok a fungovalo aj nieco z klavesnice. bud sipky, alebo +-.

[Georgius]

Dík za palec

Co se týče Aeskulapa, tak máš to ubuntu nějaké rozbité, nebo málo RAMky (a nemáš swap), Debian s 8 GB RAM nemá problém. Mám taky 2.2.beta z Debianího repozitáře. Otevíráš dole do záložek, můžeš se libovolně vracet, přepínat. Pokud "nastavení kontrastu" znamená oknění (windowing), tak zmáčkni levé myšítko - doleva/doprava posouváš střed okna, nahoru/dolů měníš šířku okna (termín "kontrast" jako takový se u medicínských obrázků nepoužívá). Jediné co tam doopravdy chybí je to měření vzdáleností. Kdyby se to někomu chtělo dopsat, byla by konečně OSS alternativa ...

Výhoda NIFTI formátu je, že na rozdíl od DICOMu neobsahuje přímo osobní údaje. To co je samozřejmě vidět je tvar těla, takže například dávat "v plen" obrázek vlastní hlavy na CT/MR není úplně dobrý nápad.

[Peter Golis]

Je možné že mám málo RAM, momentálne len 12G a mám aj SWAP (kvôli hibernácii).

Ohľadne kontrastu, očakával som tradične nejaké tiahlo (šoupátko) ako je zvykom.

[Georgius]

Já mám 8 GB :-P Ale Debian s MATE .

U medicínskch obrázků je šoupátko jen u PETu (min/max), rentgen a spol má odjakživa center/width. Min max používají nemedicínské aplikace jako je mricron, fsleyes, fslview a podobně ...

[Peter Golis]

Čo si pamätám, tak prehliadač na RTG snímky mal cca 5 tlačidiel. Štyri ktorými sa regulovalo osvetlenie, a jedno ktorým sa to vypínalo nech to zbytočne nesvieti. Ale to bol model na RTG fólie (filmy).

[Georgius]

To platilo jen do té doby, než do hry vstoupily počítače a "moderní" metoda výpočetní tomografie (vynález 1972, v Československu první v Hradci Králové 27.6.1978), tedy odhaduji, že déle než jsi na světě ty . radiolog pak "fotil" CT jen pro archivaci. A posledních cca deset let už "šaukastle" opravdu jenom dožívají.

[Peter Golis]

Som ročník 76. Ale tie presvecováky na tradičný RTG ešte všetky neodmontovali. Tým nemyslím skener ktorý zdigitalizoval tieto 4 snímky, ale myslel som tie šedé skrinky čo ešte stále visia na stenách ambulancií.

Ohľadne CT, tak na ňom som ešte nebol. A bol by som rád keby k tomu nebol dôvod.

[dusan]

Na prezeranie medicínskych výstupov odporúčam MITK. Je aj linuxacka verzia. Dokonca to píšu v QT.

http://mitk.org/wiki/The_Medical_Imaging_Interaction_Toolkit_(MITK)

ps. na svojej predpotopnej verzii distribúcii som rozbehol MITK-2014.10