abclinuxu.cz AbcLinuxu.cz itbiz.cz ITBiz.cz HDmag.cz HDmag.cz abcprace.cz AbcPráce.cz
AbcLinuxu hledá autory!
Inzerujte na AbcPráce.cz od 950 Kč
Rozšířené hledání
×
dnes 01:11 | Nová verze

Wayfire, kompozitní správce oken inspirovaný Compizem běžící nad Waylandem, byl vydán ve verzi 0.5.0. Zdrojové kódy jsou k dispozici na GitHubu. Videoukázky na YouTube.

Ladislav Hagara | Komentářů: 0
včera 12:22 | Komunita

Neziskové technologické konsorcium Linux Foundation rozšířilo seznam svých oficiálních projektů. Nejnovějším projektem je Open Source Security Foundation (OpenSSF), jehož cílem je zvýšit bezpečnost open source softwaru. Více například v příspěvcích na blozích GitHubu nebo Microsoftu.

Ladislav Hagara | Komentářů: 0
včera 11:44 | Nová verze

Byla vydána verze 3.1 webového aplikačního frameworku napsaného v Pythonu Django (Wikipedie). Přehled novinek v poznámkách k vydání.

Ladislav Hagara | Komentářů: 0
včera 01:11 | Nová verze

Svobodná federalizovaná sociální síť Mastodon byla aktualizována. Vydání 3.2 mj. přepracovává audio přehrávač, zlepšuje zabezpečení přihlášení aj.

Fluttershy, yay! | Komentářů: 0
3.8. 14:00 | Komunita

Byla vydána verze 1.5.0 dynamického programovacího jazyka Julia (Wikipedie) určeného zejména pro vědecké výpočty. Přehled novinek v příspěvku na blogu a v poznámkách k vydání. Aktualizována byla také dokumentace. Na YouTube jsou ke zhlédnutí záznamy přednášek z konference JuliaCon 2020 konané online minulý týden.

Ladislav Hagara | Komentářů: 0
3.8. 13:33 | IT novinky

Sdružení CZ.NIC informuje, že pro domény s koncovkou .CZ, jejichž platnost nebyla včas prodloužena, platí opět ochranná lhůta 60 dnů (30 dnů je doména plně funkční, 30 dnů je vyřazena z DNS – není dostupná). Po více než čtyřech měsících tak končí zvláštní režim, kdy byla funkčnost nezaplacených domén dočasně prodloužena ze 30 na 60 dnů z důvodu mimořádné situace související s onemocněním COVID-19.

Ladislav Hagara | Komentářů: 20
3.8. 09:00 | Nová verze

Byla vydána nová verze linuxové distribuce BunsenLabs Linux s předkonfigurovaným správcem oken Openbox. Její název je Lithium a založena je na Debianu 10 Buster. Přehled novinek v poznámkách k vydání. BunsenLabs Linux je nástupcem dnes již nevyvíjené linuxové distribuce CrunchBang (zkráceně #!).

Ladislav Hagara | Komentářů: 0
3.8. 08:00 | Nová verze

Po 9 týdnech vývoje od vydání Linuxu 5.7 oznámil Linus Torvalds vydání Linuxu 5.8 (LKML). Přehled nových vlastností a vylepšení na stránce Linux Kernel Newbies.

Ladislav Hagara | Komentářů: 1
3.8. 07:00 | Komunita

Omar Roth, hlavní vývojář Invidious, alternativního webového frontendu k YouTube, oznámil, že kvůli přehlcení a nedostatku motivace projekt opouští a zřejmě skončí také oficiální instance invidio.us (k 1. září, resp. API k 1. říjnu); stále poběží další instance nebo je možné nasadit vlastní.

Fluttershy, yay! | Komentářů: 0
2.8. 14:22 | Zajímavý projekt

Byly vyhlášeny výsledky soutěže JS1024 2020 aneb zajímavé programy napsané v JavaScriptu o velikosti maximálně 1 024 bajtů. Více o vítězném pianu na stránkách autora.

Ladislav Hagara | Komentářů: 0
Dokážete si představit, že by váš hlavní počítač (desktop, notebook) byl v současné době založen na architektuře jiné než x86 (x86_64)? Například ARM, POWER, RISC-V,…
 (10%)
 (9%)
 (57%)
 (16%)
 (7%)
Celkem 128 hlasů
 Komentářů: 10, poslední dnes 01:29
Rozcestník

Prehliadanie medicínskeho CD 2: Prehliadač dicomscope.

8.11.2019 20:10 | Přečteno: 1464× | Bežná práca s Desktopom

Ako bolo uvedené v predchádzajúcom zápisku, tak medicína už neposkytuje klasické RTG snímky na fólii. Dodáva ich v elektronickej forme na bežnom optickom médiu CD. Toto CD obvykle obsahuje obrázky vo formáte DICOM medical imaging data. Takže ideme na to s pomocou nástrojov ktoré sú dostupné priamo v bežnej distribúcii.

Potrebné nástroje:

Balík mount s príkazmi mount a losetup ktoré zvyknú byť inštalované vo východzom stave.
Balík sudo s rovnomenným príkazom, alebo jeho obdobu su na eskaláciu práv. Závisí od typu distribúcie čo preferuje vo východzom stave.
Balík dicomscope určený na prehliadanie čiernobielych medicínskych obrázkov typu DICOM.

Pripojíme si obraz média získaný v druhom zápisku:

Parametre príkazu boli už opísané, takže ich nie je treba rozpisovať.
golisp@WEB:~$ sudo mount -v RTG-chrbat-20191029.iso /mnt/cdrom -o loop
[sudo] password for golisp:
mount: /mnt/cdrom: WARNING: device write-protected, mounted read-only.
mount: /dev/loop0 mounted on /mnt/cdrom.

Skontrolujeme si obsah poskytnutého média:

Pozrieme si obsah poskytnutého média, aj s identifikáciou obsahu. Výstup odfiltrujeme len na medicínske obrázky (DICOM):
golisp@WEB:~$ find /mnt/cdrom/ | xargs file|grep DICOM
/mnt/cdrom/DICOM:                                        directory
/mnt/cdrom/DICOM/00000001:                               directory
/mnt/cdrom/DICOM/00000001/00000001:                      directory
/mnt/cdrom/DICOM/00000001/00000001/00000000:             DICOM medical imaging data
/mnt/cdrom/DICOM/00000001/00000002:                      directory
/mnt/cdrom/DICOM/00000001/00000002/00000000:             DICOM medical imaging data
/mnt/cdrom/DICOM/00000002:                               directory
/mnt/cdrom/DICOM/00000002/00000001:                      directory
/mnt/cdrom/DICOM/00000002/00000001/00000000:             DICOM medical imaging data
/mnt/cdrom/DICOM/00000002/00000002:                      directory
/mnt/cdrom/DICOM/00000002/00000002/00000000:             DICOM medical imaging data
/mnt/cdrom/DICOMDIR:                                     DICOM medical imaging data
Takže máme krátky zoznam štyroch obrázkov ktoré ovšem nemajú koncovky. Dodanému medicínskemu prehliadaču ktorý bol na danom CD to vôbec nevadí, ale bežný človek by sa mohol zapotiť pri ich hľadaní. Tieto obrázky sú predpokladateľne v priečinku DICOM, v ktorom sú dva podpriečinky pre dve štúdie. A v nich zas po dve snímky. Presne tak, ako bolo vidno na druhom obrázku z dodaného prehliadača ktorý zahŕňal výber snímok.

Pozrieme si teda dostupné snímky:

V Linuxe existuje množstvo dostupných programov pre prácu s obrázkami DICOM. Kto chce, môže si ich pohľadať príkazom apt search dicom .
Ja som si vybral program dicomscope z rovnomenného balíka. Samotný program je vytvorený v Jave, ale jeho inštalácia si dotiahne všetky závislosti. Takže si ten program spustíme:
golisp@WEB:~$ dicomscope
starting DICOMscope
please wait...
A objaví sa okno:

Vľavo hore je ikonka na otvorenie súboru. Po kliknutí na ňu sa otvorí prastarý dialóg v ktorom otvoríme snímku /mnt/cdrom/DICOM/00000001/00000002/00000000 ktorá sa nám následne zobrazí:

Poznámka cez čiaru: Pri spustení neodporúčam stáť v priečinku kam je pripojené dané médium, inak zobrazí divné popisy. Presnejšie povedané, vo verzii dostupnej v Ubuntu 18.04.

To je pre dnešok všetko. Na budúce sa pozrieme či na tomto CD nie je ešte niečo zaujímavé.

PS: Nález z RTG mám na papieri, a potreboval som sa len pozrieť na obrázok. Zvyšok si už prejdem na konzultácii s odborným lekárom pre ktorého sú tieto snímky primárne určené.        

Hodnocení: 67 %

        špatnédobré        

Obrázky

Prehliadanie medicínskeho CD 2: Prehliadač dicomscope., obrázek 1 Prehliadanie medicínskeho CD 2: Prehliadač dicomscope., obrázek 2

Tiskni Sdílej: Linkuj Jaggni to Vybrali.sme.sk Google Del.icio.us Facebook

Komentáře

Vložit další komentář

8.11.2019 23:00 Karel Benák | skóre: 8 | blog: benyho
Rozbalit Rozbalit vše Re: Prehliadanie medicínskeho CD 2: Prehliadač dicomscope.
Muhehe, tuhle jsem hledal pro Blanku vhodný program na prohlížení těchto snímků a ani nevím u čeho jsme skončili. Občas chce někdo konzultaci k snímkům a pak narychlo sháním browser. Používá PACS IQWeb a na prohlížení má speciální monitor. Mě to připadá jako duchařina, ale ona ty rozdíly v šedi fakt vidí. Má to prostě nakoukané :D
Láska je jako prd, když hodně tlačiš tak z toho bude ...
Gréta avatar 10.11.2019 13:57 Gréta | skóre: 25 | blog: Grétin blogísek | Stockholm
Rozbalit Rozbalit vše Re: Prehliadanie medicínskeho CD 2: Prehliadač dicomscope.
jako jestli má monitor na rengeny tak pod ním má určitě stoleček na stolečku zámeček za zámečkem šuplíček a v šuplíčku určitě strašně moc omluvenek na čédinu pro jednu takovou grétu z internetu ;D šlo by nějakou omluvenku naskenovat že bych si pak vyplnila datum čas nemoc a tak?? moc prosim??
Everyone dies but not everyone lives - William Wallace ✊ ⓔⓐⓣ ⓣⓗⓔ ⓡⓘⓒⓗNo lives matter!!!!
13.11.2019 11:32 Karel Benák | skóre: 8 | blog: benyho
Rozbalit Rozbalit vše Re: Prehliadanie medicínskeho CD 2: Prehliadač dicomscope.
Musím Tě zklamat, žádné omluvenčičky doma nevedeme. Manželka pracuje na RTG => neschopenky nevystavuje, naopak, když se k ní chce člověk dostat, musí mít žádanku od praktika nebo specialisty. A víš jak to mají naše děti se simulováním nemoci? Hodně, ale opravdu hodně blbé! Teplota je měřena přímo maminkou lékařkou, bolavá bříška po jedení se rozcházejí pomocí procházky ... Zameškávání školy se jim netrpí. Na druhou stranu, nebojí se pak ani zubařky.
Láska je jako prd, když hodně tlačiš tak z toho bude ...
Gréta avatar 17.11.2019 15:16 Gréta | skóre: 25 | blog: Grétin blogísek | Stockholm
Rozbalit Rozbalit vše Re: Prehliadanie medicínskeho CD 2: Prehliadač dicomscope.

a to si zase myslim že neni uplně fér. patočková s kropáčkovou splou seděj ve společný lavici a jednou obě chytly ve stejnou dobu chřipku. patočková dostala od doktora omluvenku na čtrnáct dní a kropáčková od vlastní mamky doktorky jenom blbý tři dny. a kropáčková se patočkovou kuli tomu děsně pohádala a od tý doby dlouho seděla patočková v lavici vzádu u o oken a kropáčková vepředu u dveří a vubec se navzájem nezdravily a naschvál každá koukala bokem a navzájem se naprašovaly že má ta druhá taháka a o těláku vždycky obě hrály proti sobě.  ale jednou jsme měly nějakej kickbox nebo co a kropáčková se s patočkovou tak hrozně porvaly že tam pak jedna ležela knockoutnutá a druhá měla vyraženej zub. ale od tý doby to jsou zase nejepší kámošky protože tentokrát dostala měsíc volna každá a navíc po zbytek školního roku chodily ke školnímu psychologoj a vždycky místo čédiny.

Everyone dies but not everyone lives - William Wallace ✊ ⓔⓐⓣ ⓣⓗⓔ ⓡⓘⓒⓗNo lives matter!!!!
18.11.2019 11:36 Karel Benák | skóre: 8 | blog: benyho
Rozbalit Rozbalit vše Re: Prehliadanie medicínskeho CD 2: Prehliadač dicomscope.
Víš, měli bychom se bavit jak dva lidi, co mají společný zájem, Linux, a ne jak starej fort s někým, kdo ze sebe z nějakého, mě neznámého a asi nepochopitelného, důvodu dělá blbku/blba. Pokud tedy nemáš nic podnětného k příspěvku, raději ani neodpovídej.
Láska je jako prd, když hodně tlačiš tak z toho bude ...
Fluttershy, yay! avatar 18.11.2019 12:52 Fluttershy, yay! | skóre: 86 | blog:
Rozbalit Rozbalit vše Re: Prehliadanie medicínskeho CD 2: Prehliadač dicomscope.
OK Boomer
Science advances one funeral at a time. (Max Planck, parafráze) ✊ ⓔⓐⓣ ⓣⓗⓔ ⓡⓘⓒⓗCHAZ
Jendа avatar 9.11.2019 05:44 Jendа | skóre: 76 | blog: Výlevníček | JO70FB
Rozbalit Rozbalit vše Re: Prehliadanie medicínskeho CD 2: Prehliadač dicomscope.
Já mám na cédéčku se svým vnitřkem napsáno „Použití obsahu tohoto disku k publikačním účelům pouze se souhlasem ZRIR IKEM“. Ty můžeš svoje snímky takhle šířit?
9.11.2019 09:26 Peter Golis | skóre: 60 | blog: Bežné záležitosti | Bratislava
Rozbalit Rozbalit vše Re: Prehliadanie medicínskeho CD 2: Prehliadač dicomscope.
Mne tam takú limitáciu nedali. Ale kľudne ma môže firma TatraMed osloviť, aj so spoločnosťou Perennity sprl-bvba. Je to snímok môjho tela.
11.11.2019 00:01 Andrej | skóre: 9
Rozbalit Rozbalit vše Re: Prehliadanie medicínskeho CD 2: Prehliadač dicomscope.
Aby si nebol prekvapeny. Hedy Lamarr tiez Corel za pouzivanie kresby jej tvare na krabici CorelDRAW! nic nechcel zaplatit s vysvetlenim ze ona nevlastni prava na obrazok svojej tvare. Nakoniec sa nejako mimosudne dohodli a nieco malo jej zaplatili.
Any sufficiently advanced magic is indistinguishable from technology. --Larry Niven
11.11.2019 15:23 Peter Golis | skóre: 60 | blog: Bežné záležitosti | Bratislava
Rozbalit Rozbalit vše Re: Prehliadanie medicínskeho CD 2: Prehliadač dicomscope.
Jednalo sa o obrázok ktorý vyhral v súťaži ktorá bola vyhlásená firmou Corel. Podmienkami takých typov súťaží bolo aj odovzdanie práv usporiadateľovi na všetky zaslané obrázky. Takže Corel nemohol prehrať keď hociktoré snímky z tej súťaže použil vo svoj prospech.

Takých pokusov bolo viac, dokonca aj Jakubisko sa súdil s STV o práva na "jeho" filmy. V čase keď sa spolupodieľal na ich tvorbe bol radový zamestnanec, takže práva na ne mal jeho zamestnávateľ. A navyše dostal za to riadne zaplatené podľa zákonníka práce, takže si tie práva nemohol vziať namiesto chýbajúcej výplaty.

Skús mi povedať ako ten tebou spomenutý prípad súvisí s týmto mojím prípadom. Ja v tom súvis nevidím.
Gréta avatar 10.11.2019 13:48 Gréta | skóre: 25 | blog: Grétin blogísek | Stockholm
Rozbalit Rozbalit vše Re: Prehliadanie medicínskeho CD 2: Prehliadač dicomscope.
když o tom budeš uvažovat jako o obyč fotce tak aby byla autorským dílem musí být jedinečným výsledkem tvůrčí činosti toho danýho autora. jestli by existoval jinej stroj kterej by s jiným doktorem udělal +- stejnou fotku tak to imho nemůže bejt autorsky chráněný. možná tam maj v tom ikemu nějakej unikátní protonovej rengen :D jak je to ale s lékařským tajemstvím nevim a jsem líná to zišťovat ale myslim si že ho sám pacient muže vykecat.

ale pořád to cédo mužeš hodit hřbetem na kamenou podlahu a ošubrovat ho nohou aby to bylo nečitelný a pak říct "to už bylo" ;D
Everyone dies but not everyone lives - William Wallace ✊ ⓔⓐⓣ ⓣⓗⓔ ⓡⓘⓒⓗNo lives matter!!!!
10.11.2019 14:46 Georgius | skóre: 24 | blog: jirka
Rozbalit Rozbalit vše Re: Prehliadanie medicínskeho CD 2: Prehliadač dicomscope.
Tam jde v první řadě o něco jiného než leaknutí rentgenu na ábíčko, popíšu na fiktivním případu:

Pacient X má vzácnou chorobu Y. Internista I má na chorobu Y podezření a tak pošle pacienta X k radiologovi R, který řekne laborantovi L jak má udělat obrázky (nebo to laborant udělá samostatně, podle toho co to konkrétně je). R nález popíše a odešle I, který se zaraduje že se trefil a rozhodne se napsat odborný článek do časopisu internistů čínských. Tam použije obrázek. K textu/článku dr. R nedá ani čuchnout.

Proč to může být/je špatně:
  1. dr. I si "přivlastňuje" cizí (autorské ?) dílo
  2. dr. I vybere blbý/málo reprezentativní obrázek
  3. nebude správný popis obrázku
  4. dr. R může svým pohledem dát "přidanou hodnotu" článku
  5. last but not least se vědecká úspěšnost jedince i pracoviště poměřuje (tzv. "kdo ho má delšího") podle počtu článků a jejich citací. "Souhlas ZRIR" může být podmíněn poděkováním, pokud přidaná hodnota R je malá (t.j. něco jako "autoři chtějí děkují R. a pracovišti ZRIR za poskytnutí obrazové dokumentace" což je jenom druh reklamy ZRIR, ale nic si za to nikdo nekoupí, ale je to slušnost od I) nebo vezmou R. jako spoluautora. A pak se "sláva" dělí i na toho, kdo správnou výrobou a popisem obrázku přispěl k celkovému zdaru článku
10.11.2019 19:14 Peter Golis | skóre: 60 | blog: Bežné záležitosti | Bratislava
Rozbalit Rozbalit vše Re: Prehliadanie medicínskeho CD 2: Prehliadač dicomscope.
To ovšem nie je môj prípad, ja si leštím ego len nad informáciou "ako si môže pacient pozrieť svoje fotky, ktoré by kedysi videl na filme". A to aj bez OS ktorý bez problémov stiahne užívateľove dáta na iný kontinent.

Preto nemám problém ani keby ma výrobcovia SW alebo zhotovitelia snímok priamo konfrontovali. A bol by som aj rád.
9.11.2019 09:49 Georgius | skóre: 24 | blog: jirka
Rozbalit Rozbalit vše Re: Prehliadanie medicínskeho CD 2: Prehliadač dicomscope.
Tak jsem to nainstaloval a je to fakt hrozná plečka. Na jeden obrázek (např tu chrpticu) je lepší imagej, dá se v tom alespoň rozumně měřit (například úhly, vzdálenosti ale i plochy, denzity, intenzity atd). Jak v tom otevřít víc řezů (to bezbolestně umí aeskulap) nebo přepínat mezi více snímky (to umí imageJ) jsem neobjevil. K čemu je dobrý dicomscope fakt nevím.
9.11.2019 10:28 _
Rozbalit Rozbalit vše Re: Prehliadanie medicínskeho CD 2: Prehliadač dicomscope.
Takové plané teoretizování když nevystvavíš obsah toho CD. Lámat si ruku, abych to mohl zkusit, nebudu.
9.11.2019 12:02 Georgius | skóre: 24 | blog: jirka
Rozbalit Rozbalit vše Re: Prehliadanie medicínskeho CD 2: Prehliadač dicomscope.
Pánové, to je takový problém si nějaký DICOM najít ? Dá se třeba vykuchnout tady - přímý link tu (DICOMy jsou typicky velké jako kráva, zejména "obyčejné" rentgeny ...)
9.11.2019 13:55 Peter Golis | skóre: 60 | blog: Bežné záležitosti | Bratislava
Rozbalit Rozbalit vše Re: Prehliadanie medicínskeho CD 2: Prehliadač dicomscope.
Stačí ísť k zubárovi, panoráma by sa mala robiť každých 5 rokov. Jeden by neveril.
Gréta avatar 10.11.2019 13:50 Gréta | skóre: 25 | blog: Grétin blogísek | Stockholm
Rozbalit Rozbalit vše Re: Prehliadanie medicínskeho CD 2: Prehliadač dicomscope.
si ho zubák nechal u sebe v kompu :'(
Everyone dies but not everyone lives - William Wallace ✊ ⓔⓐⓣ ⓣⓗⓔ ⓡⓘⓒⓗNo lives matter!!!!
Grunt avatar 10.11.2019 19:52 Grunt | skóre: 23 | blog: Expresivní zabručení | Lanžhot
Rozbalit Rozbalit vše Re: Prehliadanie medicínskeho CD 2: Prehliadač dicomscope.
3D Slicer. Taky je to na DICOM a pokud těch obrázků máš víc, můžeš si z nich seskládat voxelový model. Akorát je to obrovská mrcha.
Na co 64-bitů když to jde i s jedním? | 80.78.148.5 | Hack (for) free or Die Hard!
10.11.2019 20:30 Georgius | skóre: 24 | blog: jirka
Rozbalit Rozbalit vše Re: Prehliadanie medicínskeho CD 2: Prehliadač dicomscope.
hlavně umí výstupy pro 3D tisk, ale jinak jsem tomu pythonímu mastodontovi nějak nepřišel na chuť.
Jendа avatar 10.11.2019 20:33 Jendа | skóre: 76 | blog: Výlevníček | JO70FB
Rozbalit Rozbalit vše Re: Prehliadanie medicínskeho CD 2: Prehliadač dicomscope.
Invesalius umí přímo exportovat STL, takže si to pak můžeš vytisknout na 3D tiskárně!

Založit nové vláknoNahoru

ISSN 1214-1267   www.czech-server.cz
© 1999-2015 Nitemedia s. r. o. Všechna práva vyhrazena.