Chemsketch a podobné programy

8.10.2009 10:53 | Přečteno: 3889× | Linux | | poslední úprava: 13.1.2010 15:21

Zkušenosti s instalací, spouštěním a provozem programu ChemSketch pod WINE.
Nativních programů pro kreslení diagramů a závislostí je pod linuxem dostatek. Problém nastává při kreslení chemických vzorců, rovnic, aparatur ... - tady je situace poměrně tristní.

Některé programy, které jsem našel a důvody proč tudy ne:

1. bkchem - poměrně solidní prográmek, ale nenasel jsem šablony pro laboratoř

2. easychem - možnosti omezeny na kreslení uhlíkatých skeletů

3. ghemical - vytváření 3D modelů sloučenin, další možnosti práce se vzorci jsem nenašel

4. GChemPaint - asi na úrovni bkchem

5. xdrawchem - asi do možností nejlepší nativní program co jsem našel (predikce pKa, 3D struktura, 2D optimalizace ...). Co program v mých očích shazuje je šíleně neergonomické grafické rozhraní. Namátkou: ani po půl hodině se mi nepodařilo najít jak nakreslit jiný atom než C, vzorce/struktury jsou strašně kostrbaté a nepřehledné, nejde jednoduše propojovat objekty (benzen+benzen ap.).

Suma co jsem v programech postrádal: více šablon, funkcí a ergonomičtější grafické prostředí

Pokud jsem nezmínil (určitě jsem něco přehlídnul) nějaký zajímavý program na kreslení chemických vzorců tak dejte prosím vědět v diskuzi.

Jako řešení jsem proto zvolil provoz nějakého windows programu pod wine 1.1.30, Ubuntu 9.04.

"ChemOffice Ultra 2010 Trial Download Two Week" se nenainstaloval.

Dalším kandidátem byl program "ACD/ChemSketch 12.0 Freeware" (s programem mam dobré zkušenosti na systému windows již od dob "ISIS Draw"). Instalace proběhla v pořádku, první spuštění taktéž. Problém nastal při opětovném spouštění, kdy program nenaběhl, respektive nezobrazilo se hlavní okno.
Po delším pátrání jsem zjisti, že chyba je v souboru "user.reg". Konkrétně se jedná o klíč "[Software\\Advanced Chemistry Development (ACD)\\Size] ........", který se při prvním spuštění vytvoří a zabraňuje pak dalšímu korektnímu spuštění programu.
Řešením je tento klíč ze souboru "user.reg" smazat:

1. Ručně - je to řešení poměrně neohrabané, ale funkční

2. Pomocí regeditu regedit -s [-Software\\Advanced Chemistry Development (ACD)\\Size]. Zde je problém v předchozích verzích WINE tento postup fungoval, ale teď už ne. Poradí někdo přesnou syntaxi?

Edit: Z diskuze jsem použil syntaxi a vytvořil jednoduchý skriptík na spouštění programu (tiše předpokládám, že program je nainstalován s přednastavenou cestou):

#!/bin/bash
echo '[-HKEY_CURRENT_USER\Software\Advanced Chemistry Development (ACD)\Size]' | regedit /S -
cd ~/.wine/drive_c/windows/temp/ACDFREE12/
wine CHEMSK.EXE

3. Pomocí awk, sed? S ohledem na to, že hodnota tohoto klíče se instalaci od instalace mění a obsahuje znaky typu ')[] ap. je to řešení poněkud neohrabané.

Adresa pro stažení "CD/ChemSketch 12.0 Freeware"



Na dotaz v diskuzi zdali jde ChemSketch nainstalovat i na Mac OSX jsem našel tento odkaz na instalaci WINE no a pokud jde nainstalovat WINE tak proč by nešel i ChemSketch? Nezkoušel jsem to, ale v principu to možné je.

Na závěr bych se chtěl zeptat jestli někdo nemá více šablon (hlavně laboratorního skla ...) pro ChemSketch?
Děkuji.

Ukázky možností programu ChemSketch 12
Zleva doprava: šablona laboratorní vybavení, šablona alkaloidy, deformovaná struktura hexahelicenu, ukázka vyčištění/optimalizace 2D struktury hexahelicenu, 3D optimalizace hexahelicenu, ukázka tvorby názvu ze vzorce        

Obrázky

Komentáře

[kavol]

templáty, templáty ... to jsou nějaké relikvie řádu templářských rytířů nebo co?

[Uran]

No v češtině se tento výraz používá http://slovnik.seznam.cz/?q=template&lang=en_cz , vyděl jsem ho i jiných odborných knihách. :)

[kavol]

a) co si kdo napíše do slovníku na Seznamu zcela určitě není etalonem korektního jazyka (nejen češtiny)

b) ano, nemám problém si vygooglit, že templát je část vlákna DNA nebo RNA, a normálně bych se jen tiše v koutku styděl za svoji neznalost, nicméně tento význam mi nedává pražádný smysl ve spojení "templátů (hlavně laboratorního skla ...)" - ono má laboratorní za příměsi i nukleové kyseliny? - a já si doteď myslel, že je to akorát oxid křemičitý a pár anorganických látek ... tak jsem se zeptal, no ...

[Uran]

Ja jsem to tak nemyslel. Nikde jsem netvrdil, že je to 100% česky. Holt mě při pohledu na anglicke templates napadlo templáty. Asi to je tím, že na škole chemického zaměření jsme toto slovo běžně použivali. K těm nukleovým kyselinám a chemickému složení skla: tento argument je trochu mimo, prostě se tím slovem označuje v češtině více věcí. Navíc význam slova templát jak jsem ho pouzil já v textu má širší význam než označení části DNA. Posledním mým argumentem je fakt, že v počítačové terminologii se pojem templát používá celkem běžně.

[Ladicek]

Nechci sejčkovat, ale já tedy slovo templát v souvislosti s počítači (ať už ve smyslu šablony pro modelovací programy, nebo šablony pro generování výstupu, nebo C++ šablony, na jinou si teď nevzpomínám) nikdy nezaslechl

[Uran]

Nj už dost příště napíšu šablona a bude pokoj ;)

[kavol]

Holt mě při pohledu na anglicke templates napadlo templáty. Asi to je tím, že na škole chemického zaměření jsme toto slovo běžně použivali.

to je jako říct, že když si čtu v angličtině třeba o autech, tak mě při pohledu na anglické "driver" napadne počeštěné "drajvr", a když pak o tom s někým budu mluvit, tak mi přijde úplně normální říct, že "já jsem fakt dobrej drajvr", protože slovo "drajvr" se přece v IT běžně používalo - co na tom, že pouze místo slova "ovladač" ...

K těm nukleovým kyselinám a chemickému složení skla: tento argument je trochu mimo, prostě se tím slovem označuje v češtině více věcí.

ehm, při vší dobré vůli, nebyl jsem schopen nalézt jiný český význam než že je to prostě kus DNA nebo RNA (s jednou vyjímkou popsanou níže), takže jakých "více věcí"? - jakože jedna věc je ten kus DNA a druhá věc je ten kus RNA, tak to máme celkem dvě věci, to není ani "nula" ani "jedna", tudíž "více"?

Navíc význam slova templát jak jsem ho pouzil já v textu má širší význam než označení části DNA.

ten význam zdá se býti jen a pouze v tvé hlavě, náhodný čtenář jiný (pokud vůbec nějaký) význam nezná a odborný slovník mu jej neprozradí

a žádné "navíc" - prostě jsi jen zopakoval variaci na stále tentýž argument

Posledním mým argumentem je fakt, že v počítačové terminologii se pojem templát používá celkem běžně.

kdyby se "templát" používal běžně, s největší pravděpodobností bych jej za ta léta už někde potkal a znal ... v počítačové terminologii pojem "templát" nepoužívá nikdo s vyjímkou party analfabetů z VŠCHT, kteří se při povídání o XML rozhodli ignorovat zavedenou terminologii a zavedli si vlastní pojem "templát", který nikdo jiný nepoužívá - tedy přesněji, rozhodl se patrně jen jeden, a ostatní to od něj převzali, buď z vlastní neznalosti, podvědomě, anebo prostě jen proto, aby si nekomplikovali studium uražením ega vyučujícího

např. na FAV ZČU se témuž říká "šablona" (třeba zde), zcela v souladu s překladem slova "template" jako "šablona" v jiných IT výskytech (např. "template language" = "šablonovací jazyk")

[Uran]

Tak abych ten flame ukoncil. Ten vyraz "templat" beru zpet, byla to prece jenom nejaka moje utkvela predstava. Priste pouziju vyraz sablona. Presto bych si dovolil podotknout, ze ne vsichni z VSCHT jsou analfabeti.

 

PS: ne ze me napadnes ze pisu bez diakritiky

[kavol]

mno, tož VŠCHT má za sebou třeba můj drahý tatík či o něco čerstvěji kámoška od konečné trati č. 125 ... což nic nemění na tom, že považuji za velmi nešťastné a koneckonců i neslušné zavádět vlastní terminologii tam, kde již existuje vyhovující terminologie jiná, pročež chápu označení za nevzdělance (bez ohledu na jiné výkony dotčených osob) ještě jako značně eufemistické

a koneckonců, ono ani s tím biochemickým významem to není tak slavné, když jsem se pro zajímavost ptal na význam tohoto slova mé dražší polovičky, hleděla na mne jak tele na nový vrata, a to prosím svého času uvažovala o sepsání diplomky z genetiky a třeba PCR pro ní není španělskou vesnicí ... ale v tomto případě aspoň strýček Google ukazuje užití pojmu napříč univerzitami a vědeckými pracovišti po celé ČR, kdežto všechny výskyty v IT vedou jen zpět k VŠCHT

já vím, je to moje přecitlivělost, ale tyto věci nám komplikujou práci, investujeme čas do toho, abysme našli nejvhodnější řešení a ujednotili se na něm, a pak přijde nějaký tentononc, a nadělá v tom paseku, neboť odmítne brát ohled na ostatní autory i na čtenáře (zavedený úzus kterému rozumí) a sobecky si protlačuje věci po svém

[Pravák Bob]

Slovo "vyděl" se v češtině taky používá, ale asi v jiném významu.

[Uran]

Pravda je, ze s cestinou jsem na skole hodne bojoval takze me to pri psani uteklo. Dekuji za upozorneni. Priste si dam pozor.

[JiK]

jeste screenshoty ke vsem zminovanym, jedna veta o tom, zda jdou i pod OS X a byl by to dobry clanek, na ocich, uzitecnejsi nez blog zahrabany blogysek.

[Uran]

Obrázky doplnit mohu jen nejsem moc velký psavec tak se do článků moc nehrnu.

[Darth Phantom]

zda jdou i pod OS X a byl by to dobry clanek

Tady nejsi na můjmac.cz, Faune, jestli si to ještě nestačil zaregistrovat.

[pavel]

ChemSketch jsem kdysi davno hojne pouzival na widlich (super program a je free) nez jsem od chemie nadobro utekl k UNIXU/Linuxu.

V teto oblasti pro Linux moc volne dostupnych programu neni a pokud se nechytnou pres wine je to blbe.

Komercni "enterprise" softy typu ChemOffice, nebo HyperChem samozrejme jsou i v unixove verzi, potazmo HyperChem jsem snad ani v jine nez unixove verzi nevidel. Ono kdyz pocitate ruzne veci vychazejici z kvantove mechaniky, tak prece jen je potreba vykonejsi zelezo, cluster, mainframe apod. A tam vetsinou kraluje nejaka verze unixu.

Nevyhoda je. Ze jsou tyhle softy pro bezneho smrtelnika proklate drahy.

Jinak linky na vyse uvedene softy:

http://www.cambridgesoft.com/

http://www.hyper.com/       PS.; Zde si vsimnete krasneho screenu z Fedory.

http://www.acdlabs.com/products/chem_dsn_lab/chemsketch/

[masomlejn]

Příloha:

• filme.gif (0 bytů)

Ještě bych do této party chemických prográmků doplnil rasmol. V příloze je jeho prostřednictvím "nafilmovaný" toluen ve stavu ideálního plynu - výstup z mol. dynamiky (DL_POLY). Takže igelitový pytle přes hlavu a čichat!

[Vojtěch Horký]

Poradí někdo přesnou syntaxi?

Sice trochu pozdě, ale možná se to bude ještě někomu hodit.

$ echo '[-HKEY_CURRENT_USER\Software\Advanced Chemistry Development (ACD)\Size]' \
    | regedit /S -
$ wine --version
wine-1.1.30