Konference LinuxDays 2026 proběhne již tento víkend 3. a 4. října v Praze v areálu ČVUT v Dejvicích na FIT. Konference LinuxDays 2026 znamená desítky přednášek a workshopů, zástup zajímavých osobností, místo pro setkání, spoustu nových nápadů a informací a stánky řady různých projektů: Fedora, openSUSE, vpsFree.cz, Mozilla, MacGyver - bastlíři SH, OpenAlt a mnoho dalších. Vstup je volný.
Microsoft oznámil, že WSL kontejnery (WSLC) aneb linuxové kontejnery ve Windows Subsystem for Linux (WSL) jsou již obecně dostupné. Současně popsal jejich architekturu.
openSUSE Leap 16.1 vstoupil do RC fáze. Nově lze instalovat jako standardní systém (Standard) nebo jako neměnný systém s atomickými aktualizacemi (Immutable). Samostatná neměnná distribuce openSUSE Leap Micro končí.
Byl vydán Mozilla Firefox 157.0. S nejvýraznější vizuální proměnou za poslední roky. Přehled novinek v poznámkách k vydání a poznámkách k vydání pro vývojáře. Řešeny jsou rovněž bezpečnostní chyby. Nový Firefox 157 bude brzy k dispozici také na Flathubu a Snapcraftu.
Rodina produktů Raspberry Pi se rozšířila o Raspberry Pi Smart Display Module. Deska pro Raspberry Pi Compute Module 5 se zasouvá přímo do displejů dle specifikace Intel SDM. Cena desky je 30 dolarů.
Byla vydána nová verze 2.56.0 distribuovaného systému správy verzí Git. Přispělo 104 vývojářů, z toho 39 nových. Přehled novinek v příspěvku na blogu GitHubu a v poznámkách k vydání.
Hackerská skupina ShinyHunters oznámila průnik do informačních systémů FBI, prostřednictvím zero-day zranitelnosti v platformě Oracle PeopleSoft, kterou úřad využívá mimo jiné pro náborový portál FBIJobs.gov. Útočníci tvrdí, že získali až 3 TB dat o současných i bývalých zaměstnancích a uchazečích o práci. Jako důkaz zveřejnili vzorek přibližně 5 000 záznamů obsahující jména, adresy, telefonní čísla, data narození, čísla
… více »Doba kompilace linuxového jádra se díky rychlejšímu hardwaru a optimalizacím kbuildu snižuje k deseti sekundám. Nejnovější patche Lorenza Stoakse (vznikají i s pomocí SI) zkrátily na testovacím stroji dobu sestavení z dlouhých 22 vteřin na pouhých 15, a to bez použití RAMdisku. Testovací systém tvořily dva procesory AMD EPYC 9575F (oba dohromady poskytují celkem 128 jader a 256 vláken), čtyřiadvacet 64GB DDR5-6400 paměťových modulů a
… více »Před rokem a půl vývojáři postmarketOS informovali, že pro projekt hledají nové jméno. Včera bylo oznámeno: postmarketOS se nově jmenuje Nura.
Hra Factorio dorazila na Printables. Hned teď si můžete stáhnout 65 různých modelů a nechat celou mimozemskou planetu oživnout na svém stole.
Před časem zde vyšel článek, který představoval možnosti využití svobodného softwaru ve vědě, konkrétně v technice. Já bych si dovolil představit některé možnosti pro biologii. Rozhodně si nedělám nároky na úplnost seznamu. Jde o software, který používám buď já, anebo lidé v mém okolí.
Kancelářský balík OpenOffice.org znají a používají snad všichni. Většině lidem ale dělá trochu potíže práce se seznamy literatury. Ve vědě je důležité doložit všechna tvrzení, která jsou v textu uvedena. Ať už vlastním výzkumem, anebo odkazem na jiného autora. V prostředí Windows existují tzv. reference managery, které se starají o databázi literatury, jsou propojeny s Wordem, vkládají do něj odkazy na literaturu a nakonec generují seznam literatury. My můžeme buď využít obdobné vestavěné funkce v OpenOffice.org, anebo sáhnout po starém osvědčeném LaTeXu. Jeho výhodou je, že největší databáze vědeckých článků i Google Scholar umí exportovat záznamy ve formátu BibTeX. Mým oblíbeným nástrojem je KBibTeX. Z něj pak lze záznamy buď vkládat do LaTeXu, anebo exportovat do HTML, RTF nebo PDF.
KBibTeX s načteným seznamem literatury
Základem je statistický balík R, což je open-source obdoba S-plus, ale může se směle měřit i s předraženými velikány typu SAS nebo SPSS. Hodně lidí si stěžuje na jeho rozhraní, které běží jen v příkazové řádce. To se ale poslední dobou mění. Existuje doplněk do OpenOffice.org Calc a celé GUI pro R. Oba programy jsou zatím spíše na počátku vývoje, ale jistě je čeká slibná budoucnost. Krom základního balíku R používám doplňkové balíky agricolae, ade4, stats, vegan a další. Většinou jde o balíky související s mnohorozměrnou statistikou a biologií.
R4Calc - integrace R do OpenOffice.org Calc
Rkward, kompletní GUI pro R
Pro lidi zabývající se matematickými modely (ale nejen pro ně) tu je Octave, což je přímá konkurence známějšího Matlabu.
Existují i speciální programy psané za nějakým konkrétním účelem. Většinou si je píší sami biologové, takže to po informatické stránce nebývá žádný zázrak. Ale svůj účel to plní. Jako příklad bych uvedl třeba Arlequin, který slouží pro výpočet parametrů populační genetiky.
Arlequin (omlouvám se za screenshot z Windows ze stránek projektu, ale momentálně program nemám nainstalovaný)
I když to tak nemusí vypadat, nabídka je vpravdě široká. Neznám nikoho, kdo by se orientoval ve všem :-). O málo menší seznam dostanete, i když budete mezi balíčky Debianu hledat slova jako "biology" nebo "molecular". Existuje i software, který je k dispozici jen pro Linux. Je jím např. ARB, což je velice speciální program pro práci s jedním typem DNA. Opačný problém nastává se softwarem navázaným na hardware, třeba na tzv. sekvenátory, které "čtou" DNA a produkují výsledky ve speciálních formátech. V takových případech mnohdy pomůže Wine s winetricks. Nebo s některými mikroskopy, které se dodávají dohromady s počítači sloužícími k ovládání mikroskopu.
Biologové pracující s DNA běžně pracují s obrovskými on-line databázemi. Ta asi nejznámější je National Center for Biotechnology Information, kde je k dispozici i řada softwaru. Obdobná databáze je i v Evropě a Japonsku. Dohromady tvoří tzv. Velkou trojku a vzájemně se zálohují. Dále existuje řada menších, úžeji zaměřených. K databázím je k dispozici řada on-line nástrojů, pro které stačí jen prohlížeč. Jsou plně multiplatformní. Mezi nejznámější patří asi Sequence Manipulation Suite, kterou si případně lze stáhnout do svého počítače a pracovat jen se svými daty.
Zvláště mezi tvůrci svobodného softwaru pro molekulární biologii je rozšířena i jedna specifická licence: beerware. Když potkáte tvůrce softwaru (třeba na vědecké konferenci), musíte jej pozvat na pivo.
Ve většině případů není problém s tím, že by nebyl dostupný linuxový software pro nějakou konkrétní úlohu (i když i na takové situace už jsem narazil), ale s jeho pohodlností. Kupříkladu rozdíl mezi GRASS a ArcGIS od ESRI je nebetyčný. V jednom musíte psát skripty a zaobírat se příkazovou řádkou, ve druhém jen pohodlně klikáte. Na tom nic nezmění ani obdobné výsledky a nižší stabilita ArcGISu. Nicméně Linux má i pro přírodovědce rozhodně co nabídnout.
Nástroje: Tisk bez diskuse
Tiskni
Sdílej:
)
12.11.2008 08:11
Jan Drábek | skóre: 41
| blog: Tartar
| Brno
12.11.2008 18:11
Jan Drábek | skóre: 41
| blog: Tartar
| Brno
AbcLinuxu.cz
ITBiz.cz
HDmag.cz
AbcPráce.cz
16.11.2008 20:55
Vážený pane Drábku,
slovníky podobu"sekven(c)ování" neuvádějí, postupovali bychom tedy na základě slovotvorné analogie. U sloves utvořených od podstatných jmen (např. listovat) postupujeme tak, že východiskem je kmen motivujícícho podstatného jména (zde "sekvenc-") + slovesný formant (zde "-ovat"). Podoba "sekvencovat" je tedy v pořádku. Tvar "sekvenovat" nevychází z kmene již zdomácnělého podst. jm. "sekvence", i když podle internetových výskytů se v tom významu užívá. Zdá se, že v oblasti vědecké se ustálil jako termín a užívají se i od něj odvozené tvary jako "sekvenace", "sekvenátor" apod., proto se domníváme, že ani tuto podobu nelze odmítat. V jiném kontextu, než je speciální odborná přírodovědná terminologie, bychom však tyto podoby nedoporučili užívat.
S pozdravem
Ludmila Uhlířová
Ústav pro jazyk český AV ČR
oddělení jazykové kultury – jazyková poradna
A mimochodem, znám pár biologů (osobně), kteří náhodou umí česky a umí i česky odvozovat (a tedy to používají)...
Jo. A říkají se i horší věci. Tahle už je plně zažitá. Sekvencátor tedy ne, ale sekvenátor ano. Častěji asi sekvenovat, než sekvencovat, ale nemáš to daleko, tak si to přijď poslechnout.
.
description [Middle English descripcioun, from Anglo-Norman, from Latin déscríptió, déscríptión-, from déscríptus, past participle of déscríbere, to write down; see describe.]
describe [Middle English describen, from Latin déscríbere, to write down : dé-, de- + scríbere, to write; see skríbh- in Indo-European roots.]
Doporučuji se zaměřit na rozdíl mezi descriptus a describere. Latinu neovládám, ale v české češtině se ve výslovnosti uplatňuje regresní asimilace, což znamená, že znělost poslední souhlásky ovlivňuje výslovnost předchozí souhlásky. Proto si dokážu představit, proč se v latině b změnilo na p.
Pak se takto různě psaná slova dostala do angličtiny (i tam se píšou jinak) a od tamtud je lidé postižení mísením jazyků tlačí do češtiny.
12.11.2008 10:26
Ondřej Kuda | skóre: 27
| blog: obcasny_blog
Článek se mi moc líbí.
Jen možna jedna věc (já vim, jsem hnidopich) ale program ARB nepracuje s jedním druhem DNA, ale s rRNA (ribosomarni RNA) a jejima databázema. Používá se to třeba pro fylogenetické studie (viz nedavne zjisteni ze Archebakterie jsou pribuznejsi s Eukaryotou a tedy i lidmi vic nez s Prokaryotou). Ale samozrejme je mozna prace i s DNA sekvencemi, nicmeně ne již ve spolupraci s databazi (na to je lepsi pouzit software od NCBI a jejich databaze).
Pokud jde ale o analyzovani sekvenci (hledani palindromu, tvorba sekundarnich struktur proteinu a tak) nepotkal jsem nic lepsiho, nez ARB.
Diky za clanek
Určovat ze sekvence aminokyselin něco víc než primární strukturu není nic jednoduchého, jestli vás to téma zajímá, doporučuji třeba knihu Introduction to Protein Structure.
A to je prosím jen "introduction". Jinak proč myslíte, že existují projekty jako Folding@home?
Softwary na odhadování sekundární a případně terciární struktury jsou, ale není to žádná matematika, ale multiple sequence alignment na podobném principu, jako třeba BLAST, kdy se vyhledávaj (a doplňujou) části primární sekvence, které jsou v proteinech, jejichž strukturu už někdo vyřešil. Jinak ze samotného exonu se naprosto nedá vypočítat struktura, protože v něm nejsou zapsány posttranslační modifikace, navíc těch volných úhlů, ať už rotačních, nebo torzních je jak na -CO=NH- kostře, tak na postranních řetězcích tolik, že se z toho nedá udělat ani návrh, natož rozumná struktura.
Když chceš strukturu, je potřeba exprese a buď krystalografie, nebo NMR, tahle snadno to nejde...
Ale nějak se obávám, že to hned tak nebude...
17.11.2008 18:32
17.11.2008 18:46
12.11.2008 11:58