Desktopové prostředí Budgie bylo vydáno ve verzi 10.10. Dokončena byla migrace z X11 na Wayland. Budgie 10 vstupuje do režimu údržby. Vývoj se přesouvá k Budgie 11. Dlouho se řešilo, v čem bude nové Budgie napsáno. Budgie 10 je postaveno nad GTK 3. Přemýšlelo se také nad přepsáním z GTK do EFL. Budgie 11 bude nakonec postaveno nad Qt 6.
OpenChaos.dev je 'samovolně se vyvíjející open source projekt' s nedefinovaným cílem. Každý týden mohou lidé hlasovat o návrzích (pull requestech), přičemž vítězný návrh se integruje do kódu projektu (repozitář na GitHubu). Hlasováním je možné změnit téměř vše, včetně tohoto pravidla. Hlasování končí vždy v neděli v 9:00 UTC.
Byl vydán Debian 13.3, tj. třetí opravná verze Debianu 13 s kódovým názvem Trixie a Debian 12.13, tj. třináctá opravná verze Debianu 12 s kódovým názvem Bookworm. Řešeny jsou především bezpečnostní problémy, ale také několik vážných chyb. Instalační média Debianu 13 a Debianu 12 lze samozřejmě nadále k instalaci používat. Po instalaci stačí systém aktualizovat.
Na stránkách Evropské komise, na portálu Podělte se o svůj názor, se lze do 3. února podělit o názor k iniciativě Evropské otevřené digitální ekosystémy řešící přístup EU k otevřenému softwaru.
Společnost Kagi stojící za stejnojmenným placeným vyhledávačem vydala (𝕏) alfa verzi linuxové verze (flatpak) svého proprietárního webového prohlížeče Orion.
Firma Bose se po tlaku uživatelů rozhodla, že otevře API svých chytrých reproduktorů SoundTouch, což umožní pokračovat v jejich používání i po plánovaném ukončení podpory v letošním roce. Pro ovládání také bude stále možné využívat oficiální aplikaci, ale už pouze lokálně bez cloudových služeb. Dokumentace API dostupná zde (soubor PDF).
Jiří Eischmann se v příspěvku na svém blogu rozepsal o open source AdGuard Home jako domácí ochraně nejen před reklamou. Adguard Home není plnohodnotným DNS resolverem, funguje jako DNS forwarder s možností filtrování. To znamená, že když přijme DNS dotaz, sám na něj neodpoví, ale přepošle ho na vybraný DNS server a odpovědi zpracovává a filtruje dle nastavených pravidel a následně posílá zpět klientům. Dá se tedy používat k blokování reklamy a škodlivých stránek a k rodičovské kontrole na úrovni DNS.
AI Claude Code od Anthropicu lépe rozumí frameworku Nette, tj. open source frameworku pro tvorbu webových aplikací v PHP. David Grudl napsal plugin Nette pro Claude Code.
Byla vydána prosincová aktualizace aneb nová verze 1.108 editoru zdrojových kódů Visual Studio Code (Wikipedie). Přehled novinek i s náhledy a videi v poznámkách k vydání. Ve verzi 1.108 vyjde také VSCodium, tj. komunitní sestavení Visual Studia Code bez telemetrie a licenčních podmínek Microsoftu.
Na lasvegaském veletrhu elektroniky CES byl předveden prototyp notebooku chlazeného pomocí plazmových aktuátorů (DBD). Ačkoliv se nejedná o první nápad svého druhu, nepochybně to je první ukázka praktického použití tohoto způsobu chlazení v běžné elektronice. Co činí plazmové chladící akční členy technologickou výzvou je především vysoká produkce jedovatého ozonu, tu se prý podařilo firmě YPlasma zredukovat dielektrickou
… více »Před časem zde vyšel článek, který představoval možnosti využití svobodného softwaru ve vědě, konkrétně v technice. Já bych si dovolil představit některé možnosti pro biologii. Rozhodně si nedělám nároky na úplnost seznamu. Jde o software, který používám buď já, anebo lidé v mém okolí.
Kancelářský balík OpenOffice.org znají a používají snad všichni. Většině lidem ale dělá trochu potíže práce se seznamy literatury. Ve vědě je důležité doložit všechna tvrzení, která jsou v textu uvedena. Ať už vlastním výzkumem, anebo odkazem na jiného autora. V prostředí Windows existují tzv. reference managery, které se starají o databázi literatury, jsou propojeny s Wordem, vkládají do něj odkazy na literaturu a nakonec generují seznam literatury. My můžeme buď využít obdobné vestavěné funkce v OpenOffice.org, anebo sáhnout po starém osvědčeném LaTeXu. Jeho výhodou je, že největší databáze vědeckých článků i Google Scholar umí exportovat záznamy ve formátu BibTeX. Mým oblíbeným nástrojem je KBibTeX. Z něj pak lze záznamy buď vkládat do LaTeXu, anebo exportovat do HTML, RTF nebo PDF.
KBibTeX s načteným seznamem literatury
Základem je statistický balík R, což je open-source obdoba S-plus, ale může se směle měřit i s předraženými velikány typu SAS nebo SPSS. Hodně lidí si stěžuje na jeho rozhraní, které běží jen v příkazové řádce. To se ale poslední dobou mění. Existuje doplněk do OpenOffice.org Calc a celé GUI pro R. Oba programy jsou zatím spíše na počátku vývoje, ale jistě je čeká slibná budoucnost. Krom základního balíku R používám doplňkové balíky agricolae, ade4, stats, vegan a další. Většinou jde o balíky související s mnohorozměrnou statistikou a biologií.
R4Calc - integrace R do OpenOffice.org Calc
Rkward, kompletní GUI pro R
Pro lidi zabývající se matematickými modely (ale nejen pro ně) tu je Octave, což je přímá konkurence známějšího Matlabu.
Existují i speciální programy psané za nějakým konkrétním účelem. Většinou si je píší sami biologové, takže to po informatické stránce nebývá žádný zázrak. Ale svůj účel to plní. Jako příklad bych uvedl třeba Arlequin, který slouží pro výpočet parametrů populační genetiky.
Arlequin (omlouvám se za screenshot z Windows ze stránek projektu, ale momentálně program nemám nainstalovaný)
I když to tak nemusí vypadat, nabídka je vpravdě široká. Neznám nikoho, kdo by se orientoval ve všem :-). O málo menší seznam dostanete, i když budete mezi balíčky Debianu hledat slova jako "biology" nebo "molecular". Existuje i software, který je k dispozici jen pro Linux. Je jím např. ARB, což je velice speciální program pro práci s jedním typem DNA. Opačný problém nastává se softwarem navázaným na hardware, třeba na tzv. sekvenátory, které "čtou" DNA a produkují výsledky ve speciálních formátech. V takových případech mnohdy pomůže Wine s winetricks. Nebo s některými mikroskopy, které se dodávají dohromady s počítači sloužícími k ovládání mikroskopu.
Biologové pracující s DNA běžně pracují s obrovskými on-line databázemi. Ta asi nejznámější je National Center for Biotechnology Information, kde je k dispozici i řada softwaru. Obdobná databáze je i v Evropě a Japonsku. Dohromady tvoří tzv. Velkou trojku a vzájemně se zálohují. Dále existuje řada menších, úžeji zaměřených. K databázím je k dispozici řada on-line nástrojů, pro které stačí jen prohlížeč. Jsou plně multiplatformní. Mezi nejznámější patří asi Sequence Manipulation Suite, kterou si případně lze stáhnout do svého počítače a pracovat jen se svými daty.
Zvláště mezi tvůrci svobodného softwaru pro molekulární biologii je rozšířena i jedna specifická licence: beerware. Když potkáte tvůrce softwaru (třeba na vědecké konferenci), musíte jej pozvat na pivo.
Ve většině případů není problém s tím, že by nebyl dostupný linuxový software pro nějakou konkrétní úlohu (i když i na takové situace už jsem narazil), ale s jeho pohodlností. Kupříkladu rozdíl mezi GRASS a ArcGIS od ESRI je nebetyčný. V jednom musíte psát skripty a zaobírat se příkazovou řádkou, ve druhém jen pohodlně klikáte. Na tom nic nezmění ani obdobné výsledky a nižší stabilita ArcGISu. Nicméně Linux má i pro přírodovědce rozhodně co nabídnout.
Nástroje: Tisk bez diskuse
Tiskni
Sdílej:
)
12.11.2008 08:11
Jan Drábek | skóre: 41
| blog: Tartar
| Brno
12.11.2008 18:11
Jan Drábek | skóre: 41
| blog: Tartar
| Brno
AbcLinuxu.cz
ITBiz.cz
HDmag.cz
AbcPráce.cz
16.11.2008 20:55
Vážený pane Drábku,
slovníky podobu"sekven(c)ování" neuvádějí, postupovali bychom tedy na základě slovotvorné analogie. U sloves utvořených od podstatných jmen (např. listovat) postupujeme tak, že východiskem je kmen motivujícícho podstatného jména (zde "sekvenc-") + slovesný formant (zde "-ovat"). Podoba "sekvencovat" je tedy v pořádku. Tvar "sekvenovat" nevychází z kmene již zdomácnělého podst. jm. "sekvence", i když podle internetových výskytů se v tom významu užívá. Zdá se, že v oblasti vědecké se ustálil jako termín a užívají se i od něj odvozené tvary jako "sekvenace", "sekvenátor" apod., proto se domníváme, že ani tuto podobu nelze odmítat. V jiném kontextu, než je speciální odborná přírodovědná terminologie, bychom však tyto podoby nedoporučili užívat.
S pozdravem
Ludmila Uhlířová
Ústav pro jazyk český AV ČR
oddělení jazykové kultury – jazyková poradna
A mimochodem, znám pár biologů (osobně), kteří náhodou umí česky a umí i česky odvozovat (a tedy to používají)...
Jo. A říkají se i horší věci. Tahle už je plně zažitá. Sekvencátor tedy ne, ale sekvenátor ano. Častěji asi sekvenovat, než sekvencovat, ale nemáš to daleko, tak si to přijď poslechnout.
.
description [Middle English descripcioun, from Anglo-Norman, from Latin déscríptió, déscríptión-, from déscríptus, past participle of déscríbere, to write down; see describe.]
describe [Middle English describen, from Latin déscríbere, to write down : dé-, de- + scríbere, to write; see skríbh- in Indo-European roots.]
Doporučuji se zaměřit na rozdíl mezi descriptus a describere. Latinu neovládám, ale v české češtině se ve výslovnosti uplatňuje regresní asimilace, což znamená, že znělost poslední souhlásky ovlivňuje výslovnost předchozí souhlásky. Proto si dokážu představit, proč se v latině b změnilo na p.
Pak se takto různě psaná slova dostala do angličtiny (i tam se píšou jinak) a od tamtud je lidé postižení mísením jazyků tlačí do češtiny.
12.11.2008 10:26
Ondřej Kuda | skóre: 27
| blog: obcasny_blog
Článek se mi moc líbí.
Jen možna jedna věc (já vim, jsem hnidopich) ale program ARB nepracuje s jedním druhem DNA, ale s rRNA (ribosomarni RNA) a jejima databázema. Používá se to třeba pro fylogenetické studie (viz nedavne zjisteni ze Archebakterie jsou pribuznejsi s Eukaryotou a tedy i lidmi vic nez s Prokaryotou). Ale samozrejme je mozna prace i s DNA sekvencemi, nicmeně ne již ve spolupraci s databazi (na to je lepsi pouzit software od NCBI a jejich databaze).
Pokud jde ale o analyzovani sekvenci (hledani palindromu, tvorba sekundarnich struktur proteinu a tak) nepotkal jsem nic lepsiho, nez ARB.
Diky za clanek
Určovat ze sekvence aminokyselin něco víc než primární strukturu není nic jednoduchého, jestli vás to téma zajímá, doporučuji třeba knihu Introduction to Protein Structure.
A to je prosím jen "introduction". Jinak proč myslíte, že existují projekty jako Folding@home?
Softwary na odhadování sekundární a případně terciární struktury jsou, ale není to žádná matematika, ale multiple sequence alignment na podobném principu, jako třeba BLAST, kdy se vyhledávaj (a doplňujou) části primární sekvence, které jsou v proteinech, jejichž strukturu už někdo vyřešil. Jinak ze samotného exonu se naprosto nedá vypočítat struktura, protože v něm nejsou zapsány posttranslační modifikace, navíc těch volných úhlů, ať už rotačních, nebo torzních je jak na -CO=NH- kostře, tak na postranních řetězcích tolik, že se z toho nedá udělat ani návrh, natož rozumná struktura.
Když chceš strukturu, je potřeba exprese a buď krystalografie, nebo NMR, tahle snadno to nejde...
Ale nějak se obávám, že to hned tak nebude...
17.11.2008 18:32
17.11.2008 18:46
12.11.2008 11:58